1 雲霄飛車殺人事件（Gin&Vodka初次登場，讓新縮小變成了柯南）
2 董事長千金綁架事件（阿笠博士知道柯南身份，工藤新壹化名江戶川柯南，轉入帝丹小學。）
4 大都會暗號地圖事件(少年偵探團成立)
13 奇怪的尋親殺人事件（宮野明美被警察逮捕）
43 江戶川柯南誘拐事件(工藤夫婦得知柯南身份。)
48-49外交官殺人事件（服部平次登場,新壹第壹次回復）
52霧天狗傳說殺人事件（柯南得知了琴酒和伏特加的代號） 54 電玩公司殺人事件（Tequila登場,被炸死）
57-58 福爾摩斯迷殺人事件(服部發現柯南身份）
128 黑衣組織十億元搶劫事件（宮野明美被組織殺害）
129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件（灰原登場亮相。柯南第壹次知道了藥的名字是APTX4869）
170-171黑暗中的死角（新出智明的父親被其繼母殺害，在柯南的協助下破案。新出正式登場）
176-178與黑衣組織的再會（灰原解釋了APTX4869原來是細胞程序性死亡。Vermouth在這裏第壹次露面。皮斯克與灰原的父母很熟悉，藥的開發在灰原父親的時代就開始了。GIN提到了“那位先生”，在以後會經常出現。灰原第壹次恢復）
188-193 危命的復活（新壹第二次恢復）
226-227格鬥遊戲的陷阱（茱蒂首次登場並與柯南相識，並看見他借助園子破案。）
230-231神秘的乘客（Vermouth再次露面，假扮新出與灰原同車。赤井秀壹出場）
242 元太的災難（灰原哀提到琴酒是左撇子。）
253-254 本廳刑事戀愛物語4（新出醫生（貝爾摩得假扮）可能發現了柯南分析案情並利用變聲器。）
258-259來自芝加哥的男子（詹姆斯·布萊克登場）
269-270犯罪的遺物（貝爾摩得偷走與毛利小五郎相關案卷，為了解新出的案子，並把FBI的註意力轉向毛利，片尾赤井秀壹監視偵探事務所，貝爾摩得計劃得逞）
271-272 隱藏匆忙中的省略（茱蒂在談話中暗示柯南其身份已經暴露，並且提到了FBI；在案件中蘭回想起自己曾經見到過”帶黑色針織帽的男子”（赤井秀壹）；在故事結尾貝爾摩德發郵件給琴酒，提到了雪莉酒，並且向打了叉的宮野誌保的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片）。
277-278 英語教師VS西部名偵探（柯南基本肯定了克裏絲是組織的成員，並進壹步懷疑茱蒂=克裏絲，並與服部平次壹起去茱蒂公寓試探，未果。在最後茱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南和蘭的照片，並且照片上的字跡和貝爾摩德的壹模壹樣。柯南最後說的除茱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出。）
286-288 工藤新壹NY事件（蘭和新壹救了Vermouth假扮的銀發殺人魔。毛利蘭初見赤井秀壹）
289-290 光彥森林迷失記（灰原透露沼淵己壹郎是組織成員）
307-308 遺留的無聲證言(小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委托人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員龍舌蘭接觸的對象。最後通過追查案件，柯南獲得了組織的線索——板倉的日記)
309-311 與黑衣組織的接觸（黑衣組織再度出場，柯南和GIN的第壹次正面交手，柯南壹度陷入危機，可最後不知是GIN放水還是疏忽，柯南僥幸逃過壹劫。）
329-330金錢買不到的友情(阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是壹個很有名的瘋狂科學家，而母親艾蓮娜是壹個英國留學生，並且黑衣組織可能正在從事讓死人復活的計劃。)
335-336 東都現象所的秘密(赤井秀壹跟蹤柯南和灰原，最後赤井對著哀的照片說了壹句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相識)
338-339四臺保時捷（博士借茱蒂的車將灰原送回了家，並找來新出醫生給感冒發燒的灰原看病。Vermouth和茱蒂都發現灰原住處）
340-341 廁所裏隱藏的秘密（灰原在父親好友的設計所廁所裏發現了姐姐留給自已的錄音帶。貝爾摩德在博士家安裝竊聽器，之後貝爾摩德打電話找組織成員“卡爾多瓦斯”來幫忙，正策劃著某項行動。）
343-344便利商店的陷阱（茱蒂辭去了帝丹高中的老師的職務，不過在蘭和園子到茱蒂家中開聚會時，蘭意外發現了鏡子背後的照片）
345 與黑衣組織的直面對決 滿月之夜的二元推理（vermouth，茱蒂等人身份揭露，vermouth放棄追捕雪莉，並且向琴酒隱瞞了柯南和哀的事同時柯南聽到了貝爾摩德給那位先生發郵件時的按鍵音。）
346-347尋找屁股上的印記（灰原哀拒絕了證人保護計劃。）
361-362 帝丹高中校園靈異事件（真正的新出醫生回歸。）
374-375 星星和香煙的暗號（山村操給他奶奶發信息，開頭按鍵音和Boss的郵件地址很像，是鳥取縣）
385-387斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音（柯南知道boss的郵箱號，為七個孩子）
394-396奇異屋宇大冒險（柯南已經得知boss的手機號）
425 黑色沖擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間（Kir、Chianti、Korn登場。黑衣組織的殺人計劃遭到FBI和柯南阻止，Kir受傷昏迷，被FBI捕獲。）
429-430無法回頭的二人（本堂瑛祐登場。）
462-465黑衣組織的影子（柯南註意到貝爾摩德去水無憐奈出事的目擊者家詢問，本堂瑛祐在到毛利偵探事務所做客時有意無意的把話題引向水無憐奈，並希望柯南等人前去調查）
484-485 黑色照片的去向（柯南和灰原哀進行調查，得到壹張本堂瑛祐父親的照片）
491-504 紅與黑的碰撞（小蘭的新同班同學本堂瑛佑總給柯南不好的感覺，他四處尋找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海與水無憐奈長相壹摸壹樣，但是血型不對。黑衣組織四處尋找水無憐奈，得到FBI幫助的水無憐奈假裝昏迷不醒，被本堂瑛佑襲擊後不得不說出真實身份，原來水無憐奈就是本堂瑛海，代替被殺的父親成為CIA的臥底，水無憐奈答應赤井秀壹重新返回組織，但是接到的第壹個任務就是殺死赤井秀壹。赤井秀壹疑似犧牲。）
507-508卡拉OK包房的死角（本堂瑛祐知道柯南身份，打算離開日本，柯南對赤井秀壹已死的舉動奇怪。）
509 紅白黃色與偵探團 F/C（水無憐奈向茱蒂透漏情報，組織派出了壹個厲害的偵探波本。沖矢昴登場，搬進工藤新壹的房子。）
510 柯南VS雙重暗號之謎
511 推理對決！新壹VS沖矢昴（柯南發現沖矢昴的推理能力很強，而且是左撇子，愛喝波本酒。）
521 殺人犯 工藤新壹
522 新壹的真實身份與小蘭的眼淚
523 真正想問的事 （新壹第三次恢復）
542-543魚兒消失的壹角巖（灰原哀再次感到沖矢昴的壓迫感。）
563-564偵探團VS劫匪團（臉上帶著燒傷的傷疤、疑似赤井秀壹的人出現，右眼有著明顯的被火燒傷的傷疤。在最後此人撿起了搶劫犯的手槍，在柯南被搶劫犯劫持的緊張時刻，開槍救了柯南。）
578 召喚危機的紅色前兆
579 黑色與13的暗示
580 逼近的黑之時限
581 搖曳的紅色目標（疑似赤井秀壹的人再度出現，同時，在商場的茱蒂老師收到了“這裏很危險，快逃”的字條，此時沖矢昴也在商場，首次見到了傷疤男，說的話意味深長。傷疤男將在商場發生的案件的推理用別人的手機發給了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲檢驗赤井秀壹是否生還，並以此來證實基爾是否是臥底，卻被柯南巧妙地引開。與此同時昴也在尋找傷疤男，而傷疤男卻在被瞄準時對著瞄準鏡露出詭異的笑容。）
616-621福爾摩斯的默示錄（新壹第四次恢復，並向蘭告白。工藤夫婦知道灰原哀是APTX4869的研發者。）
622-623緊急事態252（阿笠博士被綁架，片尾灰原哀再次對沖矢昴表示強烈懷疑。）
646-647幽靈旅館的推理對決（世良真純登場）
651 柯南VS平次 東西偵探推理對決（茱蒂、卡邁爾在看到世良的照片後表示世良“很像某個人”，而詹姆斯則壹眼看出世良是女孩子。）
656-657博士的視頻網站（世良看到博士視頻中印出來的灰原哀的影子，並向光彥、元太打聽了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、鄰居（即沖矢昴）的情況。並對著沖矢昴的窗戶說：“我還以為是誰隨隨便便地住進來了呢，不過現在看起來真是杞人憂天了啊……”最後世良將視頻中意外拍到的灰原影像在電腦中刪除。）
667-668婚禮前夜（安室透登場，成為小五郎弟子。）
671-674 偵探們的夜想曲（沖矢昴脫口而出的壹句“不要露出那種表情”，似乎讓灰原感到相當在意。Vermouth給波本打電話，安室透，沖矢昴，世良真純同時接到電話）
675-676 壹丁點都不原諒(灰原回想起沖矢的那句“不要露出那種表情”，和曾在組織臥底的諸星大（即赤井秀壹）的用語十分相似。世良真純對工藤新壹似乎早有了解，對灰原哀表現出興趣，並關註傷疤秀壹)
681-683 以性命為賭註的戀愛轉播（結尾處安室透為高木的指導警官伊達掃墓，暗示兩人曾是朋友)
684-685 泡沫、蒸汽和香煙（灰原的舉動和二人對話表示，沖矢的頸部隱藏著某個秘密）
690-691 工藤優作未解決的事件（沖矢昴舉止可疑，世良在房間中發現了女性線索，最後世良含淚回望柯南和蘭，說：“果然我是個壞孩子呢。”）
699-700 逼近灰原秘密的黑影（偵探團被困，灰原迫不得已服解藥恢復身體，被光彥拍下視頻，被世良、安室、沖矢看到。）
701-704 漆黑的特快列車（世良真純，安室透身份揭曉。黑衣組織再次出場，目標雪莉。怪盜基德受柯南所托假扮宮野誌保進入最後壹節車廂，車廂脫落後，貝爾摩德引爆炸藥，基德乘滑翔翼逃走。後貝爾摩德發現Sherry沒死但未向組織報告。安室透對赤井之死產生懷疑，準備重新調查。沖矢昴露出與赤井秀壹相同的眼神。）
705 密室中的柯南 （波本繼續以安室透的身份出現）
706 在波本面前解謎（波本發現柯南使用手表型麻醉針，對其產生興趣，並懷疑“沈睡的小五郎”與柯南之間的聯系）
灰原哀：
· 129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件★
130 競技場無差別脅迫事件（前篇）
131 競技場無差別脅迫事件（後篇）
135 消失的兇器搜索事件
136 青色古堡探索事件（前篇）
137 青色古堡探索事件（後篇）
138 最後播映殺人事件（前篇）
139 最後播映殺人事件（後篇）
140 SOS！步美傳達的訊息
146 本廳刑事戀愛物語（前篇）
147 本廳刑事戀愛物語（後篇）
156 本廳刑事戀愛物語2（前篇）
157 本廳刑事戀愛物語2（後篇）
174 20年的殺意 新佛尼號連續殺人事件★
176 與黑衣組織的再會（灰原篇）
177 與黑衣組織的再會（柯南篇）
178 與黑衣組織的再會（解決篇）（灰原哀第壹次恢復為宮野誌保）
182 九道門大搜索◆
188 危命的復活 洞窟中的偵探團
189 危命的復活 負傷的名偵探
190 危命的復活 第三種選擇
191 危命的復活 黑衣騎士
192 危命的復活 新壹回來了
193 危命的復活 約定的場所
194 意味深長的八音盒（前篇）
205 本廳刑事戀愛物語3（前篇）
206 本廳刑事戀愛物語3（後篇）
212 蘑菇、熊和偵探隊（前篇）
213 蘑菇、熊和偵探隊（後篇）
· 2001年（219－262）
225 生意興隆的秘密◆
230 神秘的乘客（前篇）
231 神秘的乘客（後篇）
233 未消失的證據（前篇）
234 未消失的證據（後篇）
242 元太的災難
246 陷入網中的謎團（前篇）
247 陷入網中的謎團（後篇）
258 來自芝加哥的男人（前篇）
259 來自芝加哥的男人（後篇）
· 2002年（263－303）
266 情人節的真相（事件篇）
269 犯罪的紀念品（前篇）
270 犯罪的紀念品（後篇）
276 警察手冊遺失事件
277 英語教師VS西部名偵探（前篇）
279 瘋狂足球迷（前篇）
280 瘋狂足球迷（後篇）
289 光彥森林迷失記（前篇）
290 光彥森林迷失記（後篇）
294 愛與決斷的沖擊（前篇）◆
295 愛與決斷的沖擊（後篇）◆
301 惡意與聖者的遊行（前篇）
302 惡意與聖者的遊行（後篇）
· 2003年（304－344）
304 震動的警視廳 1200萬人質★
309 與黑衣組織的接觸（交涉篇）
310 與黑衣組織的接觸（追擊篇）
311 與黑衣組織的接觸（決死篇）
312 夕陽染紅的女兒節人偶（前篇）
313 夕陽染紅的女兒節人偶（後篇）
329 金錢買不到的友情（前篇）
330 金錢買不到的友情（後篇）
335 東都顯影所的秘密（前篇）
336 東都顯影所的秘密（後篇）
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）
340 廁所裏隱藏的秘密（前篇）
341 廁所裏隱藏的秘密（後篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
· 2004年（345－383）
345 與黑衣組織直面對決！滿月之夜的二元神秘事件★
346 尋找屁股上的印記（前篇）
347 尋找屁股上的印記（後篇）
348 愛、幽靈與地球遺產（前篇）◆
349 愛、幽靈與地球遺產（後篇）◆
358 本廳刑事戀愛物語5（前篇）
359 本廳刑事戀愛物語5（後篇）
361 帝丹高中校園靈異事件（前篇）
366 眾目睽睽之下的碼頭慘劇（前篇）
367 眾目睽睽之下的碼頭慘劇（後篇）
373 劇毒蜘蛛的陷阱◆
374 星星和香煙的暗號（前篇）
375 星星和香煙的暗號（後篇）
376 限時15時◆
· 2005年（384－424）
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音（前奏曲）
390 本廳刑事戀愛物語6（前篇）
391 本廳刑事戀愛物語6（後篇）
394 奇異屋宇大冒險（封印篇）
395 奇異屋宇大冒險（操縱篇）
396 奇異屋宇大冒險（解決篇）
398 奇妙壹家的委托（前篇）
401 寶石搶匪現行犯（前篇）
402 寶石搶匪現行犯（後篇）
403 詭異的天使之館（前篇）◆
404 詭異的天使之館（後篇）◆
411 神社鳥居之驚人暗號（前篇）
412 神社鳥居之驚人暗號（後篇）
414 偵探團青鳥追蹤記◆
418 米花町閣樓的房屋◆
421 銀杏色的初戀（前篇）
422 銀杏色的初戀（後篇）
423 偵探團與青蟲四兄弟◆
· 2006年（425－459）
425 黑色沖擊！黑衣組織魔爪伸來的瞬間★
427 充滿神秘的上學路（前篇）
428 充滿神秘的上學路（後篇）
435 偵探團的特別專訪（前篇）
436 偵探團的特別專訪（後篇）
443 嘆氣拾潮（前篇）
444 嘆氣拾潮（後篇）
453 因緣與友情的試映會
454 顛倒的結尾（前篇）
455 顛倒的結尾（後篇）
· 2007年（460－490）
460 壹年B班大作戰
466 打不破的雪人（前篇）
467 打不破的雪人（後篇）
468 池塘邊的怪事件◆
472 工藤新壹少年冒險（前篇）
473 工藤新壹少年冒險（後篇）
476 元太的必殺球（前篇）
477 元太的必殺球（後篇）
478 真實的30分鐘◆
481 山妖婆婆的利刃（前篇）
482 山妖婆婆的利刃（後篇）
483 消失的巡警◆
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（後篇）
486 從右至左的招財貓◆
488 電視臺的惡魔★
· 2008年（491－520）
492 紅與黑的碰撞 血緣
495 紅與黑的碰撞 昏睡
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職
507 卡拉OK包房的死角（前篇）
509 紅白黃色與偵探團
510 柯南vs雙重暗號之謎
511 推理對決！新壹VS沖矢昴
515 怪盜基德的瞬間移動魔術★
518 明治維新神秘之旅（探索篇）◆
519 明治維新神秘之旅（解決篇）◆
· 521 殺人犯 工藤新壹★
522 新壹的真實身份與小蘭的眼淚★
523 真正想問的事
524 憎惡的藍色火花（前篇）
525 憎惡的藍色火花（後篇）
533 呼喚過去的傷痕
534 新傷痕與吹口哨的男人
535 舊傷痕與刑警之魂
536 消失的名畫背後的秘密◆
542 魚兒消失的壹角巖（前篇）
543 魚兒消失的壹角巖（後篇）
549 回轉壽司之謎（前篇）
550 回轉壽司之謎（後篇）
551 犯人是元太的父親（前篇）
552 犯人是元太的父親（後篇）
554 鸛的探索之旅（小蘭搜索篇）◆
555 鸛的探索之旅（追蹤陽菜篇）◆
557 與危險的二人同行
558 死亡之館 赤壁（三顧之禮）
· 2010年（562－601）
563 偵探團VS強盜團（騷亂）
564 偵探團VS強盜團（沈默）
568 白鳥警部 櫻花的回憶（前篇）
569 白鳥警部 櫻花的回憶（後篇）
571 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥（前篇）
572 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥（後篇）
575 黑色連衣裙的不在場證明（前篇）
577 螢火蟲點亮的真相◆
578 召喚危機的紅色前兆
583 小林老師之戀
584 白鳥警部的失戀
585 跨越時空的櫻花之戀
586 黑暗中消失的麒麟之角
587 基德vs四神偵探團
591 家中的水族館◆
597 蒸汽密室的劇本（前篇）
598 蒸汽密室的劇本（後篇）
· 2011年（602－641）
606 法庭的對決Ⅳ 審判員是小林澄子（前篇）◆
607 法庭的對決Ⅳ 審判員是小林澄子（後篇）◆
614 日記演奏的秘密（前篇）
615 日記演奏的秘密（後篇）
616 福爾摩斯的默示錄（名偵探的弟子）
621 福爾摩斯的默示錄（0 is start）
622 緊急事態252（前篇）
623 緊急事態252（後篇）
624 初戀的視頻信件
631 花時鐘知道壹切◆
633 時間守護者的劍（後篇）（片尾曲之後）
· 2012年（642－680）
642 和歌紙牌千鈞壹發（前篇）
643 和歌紙牌千鈞壹發（後篇）
648 偵探事務所籠城事件（勃發）
649 偵探事務所籠城事件（狙擊）
650 偵探事務所籠城事件（解放）
656 博士的視頻網站（前篇）
657 博士的視頻網站（後篇）
659 與初戀的***同搜查（前篇）
660 與初戀的***同搜查（後篇）
663 追逐深山鍬形蟲◆
664 名犬庫兒的功勞2◆
669 黑暗塔的秘寶（前篇）◆
670 黑暗塔的秘寶（後篇）◆
672 偵探們的夜想曲（誘拐）
673 偵探們的夜想曲（推理）
674 偵探們的夜想曲（波本）
675 壹丁點都不原諒（前篇）
676 壹丁點都不原諒（後篇）
· 2013年（681－）
681 以性命為賭註的戀愛轉播（轉播開始）（遠影）
683 以性命為賭註的戀愛轉播（現場突入）
684 泡沫、蒸汽和煙（前篇）
685 泡沫、蒸汽和煙（後篇）
686 裝載了定時炸彈的汽車◆
687 無人能解的冰之陷阱◆
690 工藤優作未解決的事件（前篇）
696 花壇破壞者的陰謀◆
698 不會吧！UFO墜落事件◆
699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）
700 逼近灰原秘密的黑影（後篇）（灰原哀第二次恢復為宮野誌保）
701 漆黑的特快列車（發車）
702 漆黑的特快列車（隧道）
703 漆黑的特快列車（交叉）
704 漆黑的特快列車（終點）
705 密室中的柯南
劇場版
M 3 世紀末的魔術師
M 4 瞳孔中的暗殺者
M 5 通往天國的倒計時
M 6 貝克街的亡靈
M 7 迷宮的十字路口
M 8 銀翼的魔術師
M 9 水平線上的陰謀
M 10 偵探們的鎮魂歌
M 11 紺碧之棺
M 12 戰栗的樂譜
M 13 漆黑的追蹤者
M 14 天空的遇難船
M 15 沈默的15分鐘
M 16 第11個前鋒
M 17 絕海的偵探
OVA
OVA 1 柯南VS基德VS鐵劍！寶刀爭奪大作戰！
OVA 2 16名嫌疑犯
OVA 5 目標是小五郎！少年偵探團的秘密調查
OVA 7 來自阿笠的挑戰書！阿笠vs柯南&少年偵探團
OVA 8 女子高中生偵探 鈴木園子的事件簿
OVA 9 十年後的陌生人
OVA 11 來自倫敦的絕密指令
OVA 12 傳說中的球棒的奇跡
基德：
76 柯南VS怪盜基德 ★ ☆
96 走投無路的名偵探！ 連續兩大殺人事件★ *（小蘭提及）
132 魔術愛好者殺人事件（事件篇）
133 魔術愛好者殺人事件（疑惑篇）
134 魔術愛好者殺人事件（解決篇）☆
219 被召集的名偵探！工藤新壹vs怪盜基德★ ☆（幼年快鬥也有出現）
356 怪盜基德的驚異空中步行 ★ ☆
394 奇異屋宇大冒險（封印篇）
395 奇異屋宇大冒險（機關篇）
396 奇異屋宇大冒險（解決篇）☆
469 怪盜基德與四幅名畫（前篇）
470 怪盜基德與四幅名畫（後篇）☆
472 工藤新壹少年冒險（前篇）（第壹代怪盜基德）
473 工藤新壹少年冒險（後篇）（主要為第壹代怪盜基德，幼年快鬥也有出現）
479 和服部平次在壹起的三天 ★ *（白馬探回憶）
515 怪盜基德的瞬間移動魔術 ★ ☆
537 怪盜基德VS最強金庫（前篇）
538 怪盜基德VS最強金庫（後篇）☆
571 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥（前篇）*（遠影）
585 跨越時空的櫻花之戀
586 黑暗中消失的麒麟之角
587 基德VS四神偵探團 ☆
627 柯南基德的龍馬寶物攻防戰（前篇）☆
628 柯南基德的龍馬寶物攻防戰（後篇）☆
678 長崎謎之劇場（幕末篇）◆ *（小蘭提及）
701 漆黑的特快列車（發車）
702 漆黑的特快列車（隧道）
703 漆黑的特快列車（交叉）
704 漆黑的特快列車（終點）☆
705 密室中的柯南 *（園子提及）
劇場版：
M 3 世紀末的魔術師（1999年）
M 8 銀翼的魔術師（2004年）
M 10 偵探們的鎮魂歌（2006年）
M 14 天空的遇難船（2010年）