北宋靖康二年，金兵攻下京師汴梁（河南開封），將出城議和的宋徽宗、宋欽宗二帝拘押，大宋玉璽從此落入金兵之手。時價嶽飛在朱仙鎮大北金兵，金國楚將軍為阻止三千少林武僧投靠嶽家軍，威脅嵩山少林寺掌管住持封寺。嵩山少林寺掌管住持同心專心向佛，在力勸金國楚將軍為兩國庶民著想鳴鑼收兵的還，容許楚將軍少林寺封寺半年。
大宋玉璽落入金國之手後，嶽飛的手下就從未中止過奪璽舉動，得力部將萬雲龍因勇奪玉璽身負重傷。萬雲龍在嵩山腳下得宗澤大人的老擺設白家姑娘解救，白家不吝犧牲全家十幾口人的人命救下萬雲龍，白姑娘帶著萬雲龍投靠嵩山少林寺。少林寺掌管住持治好萬雲龍的刀傷，為少林寺平安著想，將白姑娘和萬雲龍“請”出少林寺外。
嵩山腳下就是金國楚將軍的大營，為了到手的玉璽的平安，萬雲龍剃度為僧，留在少林寺苦練少林功夫。經由半年的涵養與苦練，萬雲龍自認為能替白姑娘家報仇，向少林寺掌管住持請辭。掌管住持說全寺能打過金國楚將軍的，就是寺外羅漢洞的瘋師傅，勸萬雲龍進洞拜瘋師傅為師。
萬雲龍摸進羅漢洞，親眼目擊瘋師傅的特殊武功。隱居羅漢洞十年不曾外出的瘋師傅發現萬雲龍拜師學武的真實目標，將萬雲龍踢回少林寺。萬雲龍回到少林寺，朝廷官員湯將軍來訪，帶來白姑娘遭金國楚將軍挾持的音訊。萬雲龍下山營救白姑娘，身陷金兵重圍，幸得華夏72路綠林英雄解救，撿了壹條人命重回少林寺。
重回少林寺的萬雲龍給少林寺帶來費事，金兵楚將軍率兵闖進少林寺大張撻伐，強制少林寺掌管住持交出萬雲龍，交出大宋玉璽。少林掌管住持痛斥金國楚將軍，早已私自歸順金兵的朝廷高官湯將軍卻將萬雲龍和白姑娘送入金兵之手。萬雲龍和白姑娘四面楚歌，少林十二棍僧實時趕到，聯手殺退金兵，將萬雲龍救回少林寺。
金兵楚將軍以白姑娘為人質，闖進少林寺強制萬雲龍交出玉璽後自刎。白姑娘割喉自殺，這點著了萬雲龍心中的怒火，更激起少林武僧的民族義憤。民族大義面前，少林掌管住持帶領十二棍僧聯手萬雲龍殺向金兵。壹場苦戰後，萬雲龍和少林十二棍僧殺失落金國楚將軍及其手下，重振少林寺十三棍僧雄風，投靠嶽家軍而去。