2004年3月31日，玉田圭司在2006年世界杯外圍賽和新加坡的比賽中第壹次代表國家隊出場。2006年6月23日，玉田圭司在2006年德國世界杯小組賽和巴西的比賽中打進壹球。
2004年年初，在J聯賽中效力4年之後玉田圭司終於入選了日本國家隊。當年3月31日，玉田圭司在日本隊與新加坡隊的世界杯預選賽中出場，上演了自己在國家隊的處子秀。2004年亞洲杯期間玉田圭司在半決賽和決賽中打進三球，其中決賽3比1擊敗中國隊的第三個進球正是由他打進。
2006年世界杯玉田圭司成為球隊主力前鋒，在小組賽與巴西隊的比賽中他的進球曾幫助日本隊1比0領先(最終1比4失利)。本次世界杯預選賽中，他在日本隊的全部12場比賽中都曾出場打進兩球。
國家隊出場：63次 進球：14個