醫院科室設有：難治性肝病診室，病毒性肝病診室，脂肪肝、酒精肝診室，肝膽腫瘤、自身免疫性肝病診室，肝纖維化、肝硬化診室，中醫科，傳染科，藥劑科，分子生物學實驗室，生化實驗室，免疫學實驗室，病毒變異耐藥實驗室，肝細胞癌變預測篩查實驗室，PCR基因檢測實驗室，超聲診斷室，肝病綜合治療室，生物技術治療區，介入治療區等，並設有VIP治療區、普通治療區、VIP病房、標準病房、經濟病房等。