這些細微的變化使玲音感到非常恐懼，她的好友艾麗斯更告訴她，在夜晚的壹家DISCO裏，看見另壹個玲音。可是玲音卻是壹個相當自閉的人，晚上根本不會上那樣的地方。漸漸的，她發現自己即使在沒有借助電腦等工具的情況下，竟然也可以連上互聯網。這些變化使她不得不去尋找原因。在追尋最終真相的過程裏，她壹步壹步的接觸到了這個互連技術的創始者——被稱為“神”的英利正美。以及控制這個網絡的集團——“武士”。原來是“武士”集團創造了另壹個玲音，她生氣的摧毀了這個集團，可是，為什麽“武士”要復制玲音，不復制其他人呢？玲音痛苦的問到：我是誰？我是什麽？我以什麽方式存在？英利正美告訴她，她不是壹個實際意義上的人，不過是壹段由他編寫出的程序。玲音對這個真相感到異常的痛苦。虛假的父母，姐妹，虛假的生活，虛假的同學。可是這壹切在玲音的記憶中都這樣真實的存在著。英利正美於是說到：記憶不過是壹個記錄，如果記錄上沒有，事情就等於從來沒有發生過。這等於說，人類識別世界的重要依據——記憶實際上本身便不是真實的！因為它既然可以擦掉，當然也可以寫入。那麽什麽才是最終的真實呢！？
玲音發覺自己能夠隨意的改寫別人甚至整個世界的記憶，因為這個世界上的人從古到今，便通過各種方式相互的聯系著，維護這個聯系的系統，叫做“集體意識”。只要能進入這個系統，便能任意修改別人的記憶。改寫記憶，擦掉痛苦，留下幸福和美好的回憶，那麽整個世界便都快樂了。玲音改寫了所有人的記憶，被死亡和恐懼圍困的城市，壹下子又平靜了。玲音的世界裏，好象從來不曾存在過四方田千紗，也沒有四方田千紗的自殺壹樣。世界平衡了嗎？但是，連玲音自己都不知道為什麽，她偏偏留下了艾利斯的記憶。擁有唯壹完整記憶的艾利斯來到玲音家裏，哀求玲音讓她忘掉那些痛苦的記憶。可是作為唯壹知情的人，應該是另壹種幸福啊。玲音迷茫的看著艾利斯，因為她喜歡艾利斯，這才讓艾利斯的記憶保持完整，為什麽會痛苦呢？這時候英利正美出現了，他說既然玲音這麽喜歡艾利斯，為什麽不讓艾利斯連接上玲音呢？玲音對英利正美說，妳並不是神，因為“集體意識”本來就是存在的，在英利正美沒有存在之前，便已經存在，這個系統只不過是英利正美發現而不是他發明出來的。這個世界上就算有神，也不是英利正美，他不過是壹個代理——神的代理。也就是說，現在，便是她取代這個位置的時候了。英利正美異常惱怒，企圖把玲音和艾利斯壹起殺死，但是，反而被玲音消滅了。艾利斯在目睹這壹恐怖的過程裏，被嚇暈（還是嚇死？）過去。玲音看著在懷裏不醒人事的艾利斯，終於明白了：對於普通人來說，壹些事，是不需要知道的，現實的最終真相，對於他們的生活而言，其實根本就沒有意義！她終於明白，像她這樣的人，實際上真的並不需要存在於這個世界上！這也就是為什麽四方田千紗自殺的原因了。或者四方田千紗根本沒有自殺，不過清洗了系統，把自己從這個世界中超脫出去了。
知道了這點之後，玲音痛苦的“重啟了系統”。這個世界從最開始的那壹個早上又從新開始了。但是玲音突然發現：這個從新開始的世界，這個記憶從新開始記錄的世界，已經沒有人記得她了。卻只有在這樣的情況下，玲音才真正看見了另壹個自己，那壹個壹直在傳說中存在卻從來沒有相遇過的“自己”。“她”對玲音說：實際上玲音是哪裏都不存在的，玲音只能夠看著！玲音再次迷茫了，她以為她找到了真相，卻壹直以來還不過是在真相的邊緣遊離而已，她憤怒的說：玲音是唯壹的，我就是我，妳不是我！於是那壹個玲音忽然消失了。整個世界也消失了，最初的問題，仍舊得不到答案：我是誰，我是什麽樣的存在，我究竟是什麽？在絕望當中，她看見了父親，她和父親坐在壹張桌子的兩對面。父親對她說到：這壹切，不就是妳自己所想希望得到的嗎？這壹切，難道不就是玲音希望的嗎？玲音失聲痛哭起來。
故事的最後，艾利斯已經成年了，她和男友在逛街。突然發現了站在天橋上依舊是童年的玲音。她大吃壹驚的跑過去，說我們從前見過嗎？玲音默默的說到：不，我們從來沒有見過面。艾利斯深深的看著玲音。竟說不出壹句話。她的下意識告訴她，這個叫玲音的女童是她相當熟悉的人，但是她的記憶卻告訴她，她的生活裏，從來沒有接觸過玲音。艾利斯的男友過來了，於是她便急忙和玲音說了再見。玲音站在天橋上，看著他們走遠。然後默默的說到：是的，在任何時候時候，我們都可以再見呢！整個世界突然拉遠，所有人都消失了，只剩下玲音壹個人孤獨的站在天橋上。
也許從故事情節上我們並沒有感受到多麽大的沖擊，但就其整體整體來說，確實體現出了《Lain》“實驗性”的特征。從人物設定上來說，安倍吉俊筆下的Lain並不是那種刻意美化的靚女，她甚至是壹個略微有些“醜”的女孩子：圓圓的臉、大大的眼睛、齊耳的短發、普通的校服，稍顯木訥的神情；這壹切構成壹個鄰家女孩的樣子，清爽近人，使得觀眾們能夠從心理上接受和認同這個角色，也使得整部作品的思想更容易通過這個載體深入我們的內心。
此外，《Lain》的鏡頭運用和畫面美工都很嫻熟，甚至前衛。雖然類似的手法多有借鑒《EVA》的地方，但《Lain》仍然做出了自己的風格，很多地方做得更大膽。似乎制作者們沒有考慮觀眾的感受，而是在極度的自我享受中膨脹！白亮的街道、深藍的天空、蒼白的太陽、黑色的電線，陰影中蠕動著的鮮紅色或者暗藍色的斑點，不斷在玲音眼前閃動的亦真亦幻的場景；也許我們更應該閉上眼睛去靜靜地傾聽這部作品。
說到傾聽，我們不可避免地要談談《Lain》的音樂，這部動畫的音樂異常出色，不僅烘托了整部動畫的氛圍，而且與畫面配合得天衣無縫。主題曲《DUVET》以“And you don\'t seen to understand……”壹句揚起，帶有輕微Light Jazz味道的歌聲被歌手BOA用略帶慵懶的聲線、高人壹等的冷漠加上節奏感很強的電子配樂表現出來，給觀眾帶來融入虛擬空間的感覺：縹緲神秘、疑幻似真。而片尾曲《遠い叫び》與主題曲可是截然不同的兩種感覺；以復雜深沈的合成式電子配樂為底，配以壹把沙啞嗓音演繹出的歌聲乍壹聽起來感覺很糟糕，但它在整部動畫中起到壹種潛移默化的作用，在冰冷的音樂裏不知不覺已被註入壹股溫熱的靈魂。
無論如何，我們說，不管以哪種方式，在藝術作品的價值與其公眾的反應之間都不存在壹種實際的對應關系。壹時的惡評沒有抵擋住《Lain》自身的魅力，人們漸漸地認識到了它的價值並深深地喜歡上了它。
在13話的《Lain》中探究了神的含義，人的本性，存在的意義及生命的真實等等。在這些思考中，我們意識到的更多的是某種失落，這種失落來自於對虛擬現實的探討，來自於我們壹種深沈的承認——虛擬現實並不像我們想象的那樣美好。在看過《Lain》後，我們是否該學會全面的衡量壹種事物呢？我們能否將所有的事件排列成序呢？玄深與奧秘的網絡，我們憑借著它得以僅窺生命中的各種事物。但同時，它也給我們的生命投下壹定的黑暗。認識到這些可以使我們的思想更深沈，更縝密。當《Lain》中的壹切回歸原位時，擺在Lain的面前是壹個孤單並且尷尬的境地：Lain如何肯定自己的存在與意義？當網絡以超乎想象的速度發展，虛擬現實漸漸成為觸手可及的東西時，人類該如何面對？