自朱元璋1368年建立明朝到1644年明朝滅亡，期間壹***經歷了16位皇帝。明朝最初的兩任皇帝朱元璋和建文帝是定都南京的，第三任皇帝朱棣在位期間遷都北京，之後的歷任皇帝也都是定都北京且葬在北京，明十三陵就是定都北京的明朝皇帝的陵墓所在地。
朱元璋的陵墓在南京紫金山朱元璋於1368年定都南京建立明朝，此後壹直到1398年去世時都是以南京為都城，而且朱元璋死後就葬在南京。
朱元璋的陵墓名為明孝陵，是他與馬皇後的合葬陵墓，位於南京紫金山麓，前後修建歷時25年左右，是明朝規模最宏大的帝王陵墓。
朱棣遷都北京後並未遷葬朱元璋，所以朱元璋的陵墓壹直都是在南京，而不在北京的明十三陵中。
建文帝下落不明，無陵墓可言眾所周知，明朝第三位皇帝朱棣是通過靖難之役當上皇帝的，其前任皇帝建文帝朱允炆在靖難之役中失蹤，他的下落至今仍是壹個謎。
朱棣即位後曾多次派遣人員找尋建文帝的下落，但皆未能找到建文帝，正因為建文帝朱允炆始終下落不明，所以無論在南京地區還是北京的明十三陵中都沒有他的陵墓。
明代宗的陵墓不在明十三陵中明代宗朱祁鈺的情況比較特殊，當年明英宗朱祁鎮在土木堡之變中被瓦剌人所俘，瓦剌人本想以明英宗作為籌碼威脅明朝投降，但是於謙及太後等人以大局為重議立郕王朱祁鈺為帝，朱祁鈺因此登上帝位，是為明代宗。
後來瓦剌人見以明英宗作為威脅並不能令明朝就範，索性將明英宗放回北京，朱祁鎮回京後雖被奉為太上皇，但很快就被明代宗軟禁於南宮長達7年之久。
景泰八年，朱祁鈺病重，朱祁鎮在石亨、徐有貞、曹吉祥等人的協助下成功復辟重登帝位，明代宗被廢為郕王並於不久後去世，朝廷以親王的規格將朱祁鈺葬於玉泉山，其陵墓名為景泰陵，不在明十三陵所在的天壽山。
崇禎的陵墓在十三陵中估計有不少人對崇禎皇帝陵墓的情況存在疑問，事實上崇禎皇帝陵墓的情況確實是比較特殊的。
李自成攻入北京後，朱由檢自縊殉國，李自成將朱由檢及其周皇後葬於崇禎田貴妃的陵墓中，原因是當時崇禎自己的陵墓還沒開始修建。
崇禎在位十七年為什麽沒開始修建自己的陵墓，壹種說法是崇禎之前請風水師找過吉地但風水師說要在崇禎十七年後修建才是吉時，所以崇禎殉國時還沒開始修建陵墓；另壹種說法是說崇禎忙於國家大事無心修建自己的陵墓，本人更傾向於第壹種說法。
後來順治帝入關後重新修繕了崇禎皇帝和周皇後、田貴妃的合葬陵墓，因為該陵墓剛好也在十三陵範圍內，所以說崇禎的陵墓是在明十三陵中，名為明思陵。
由此可見，在明朝的16位皇帝中，明太祖死後葬於南京紫金山，建文帝下落不明沒有陵墓，明代宗死前被廢為王，除此以外的13位明朝皇帝都葬於北京天壽山麓，所以叫做明十三陵。