公元前六世紀,孔子（周潤發 飾）受到魯定公（姚魯 飾）賞識,從中督宰晉升為大司寇,這讓他得以實行自己的以禮治國的執政理念.但是,三桓獨霸朝綱,也讓孔子感受到了重重阻力.他因阻止季桓子（陳建斌 飾）家奴免受陪葬,而與之結怨.他隨魯定公赴齊國會盟,與齊景公（馬精武 飾）和大夫黎鉏（王繪春 飾）鬥智鬥勇,維護了魯國的利益,討回三城,因此出任代國相.他提出隳三都的政策,引發佞臣謀反,在平叛之後,季桓子假傳聖旨,罷黜了孔子.從此,孔子率顏回（任泉 飾）、子路等弟子開始遊歷各國.在衛國,孔子得到衛靈公的尊重,獲俸粟6萬石.他見到了衛靈公的夫人南子（周迅 飾）,並在交談中展現了正氣凜然的君子風範……
本片主題曲《幽蘭操》為歌後王菲息聲多年後復出之作.