《司馬法》包含有春秋以前的已經落後的軍事原則，如“成列而鼓”等。但是它更為豐富的是根據春秋末期和戰國初的戰爭實踐經驗而提出的進步軍事思想，概括起來主要有以下幾點：1.“相為輕重”的樸素辯證法思想。就像《孫子》將許多軍事問題概括為“奇正”壹樣，《司馬法》將戰爭中的諸多因素抽象為“輕、重”這樣兩個對立統壹的因素。它認為，“凡戰，以輕行輕則危，以重行重則無功；以輕行重則敗，以重行輕則戰。故戰，相為輕重。”(《嚴位第四》)這就是說他主張“以重行輕”，輕、重相輔而成。它把統帥的戰術指揮稱為輕，戰略指揮稱為重，認為“上煩輕，上暇重”，主張輕重相節，不可偏廢。它認為輕、重又是可以相互轉化的，指出“馬車堅，甲兵利，輕乃重？”(《嚴位第四》)。它的“輕、重”說運用廣泛，有時運用於指揮號令，如“奏鼓輕，舒鼓重”(《嚴位第四》)；有時運用於裝備兵器，如“甲以重固，兵以輕勝”(《嚴位第四》)等。“輕、重”說的另壹層含意即是“雜”，通過“雜”來揚長避短，取長補短，謀取優勢。它指出：“行惟疏，戰惟密，兵惟雜。”(《定爵第三》)“兵不雜則不利，長兵以衛，短兵以守。太長則難犯，太短則不及。太輕則銳，銳則易亂。太重則鈍，鈍則不濟。”(《天子之義第二》)
2.“以戰止戰”的戰爭觀。《司馬法》的作者通過對春秋以來頻繁戰爭的洞察，認識到要消除這種混戰的狀態，非用戰爭不可。所以他極力支持正義戰爭。他所謂的正義就是指的“安人”、“愛民”，如指出：“殺人安人，殺之可也；攻其國，愛其民，攻之可也；以戰止戰，雖戰可也。”(《仁本第壹》)“戰道，不違時，不歷民病，所以愛吾民也；不加喪，不因兇，所以愛夫其民也；冬夏不興師，所以兼愛民也。”他所說的“愛民”雖有壹定的虛偽性，但這在當時卻是具有重要進步意義的。另外，他還提出了“國雖大，好戰必亡；天下雖安，忘戰必危”的重要思想。
3.以仁義為本的治軍思想。《司馬法》的“仁義”思想貫徹全書的始終。對民施仁，就是吊民伐罪，不誤農時；對部下施仁，則是關心愛護，“見危難勿忘其眾”(《定爵第三》)，“勝則與眾分善”，“若使不勝，取過在己”(《嚴位第四》)，對於攻取之國，規定“無暴神，無行田獵，無毀土功，無燔墻屋，無伐林木，無取六畜、禾黍、器械。見其老幼奉歸勿傷。雖遇壯者不校勿敵。敵若傷之，醫藥歸之。”(《仁本第壹》)《司馬法》把“仁”作為戰爭的最高目標，指出“以禮為固，以仁為勝。”(《天子之義第二》)
上述三條不能全面概括《司馬法》的軍事思想，除此之外，還有些具有進步意義的軍事思想，如“國容不入軍，軍容不入國”、“難進易退”(《天子之義第二》)，“三軍壹人勝”(《嚴位第四》)，“賞不逾時”，“罰不遷列”(《天子之義第二》)，“教惟豫，戰惟節”(《定爵》)等等，此不壹壹詳細介紹。