大部分的益生菌都需要在空腹的情況下服用，這是因為益生菌在經過胃的時候，如果已經進食胃酸發揮作用會消耗壹部分益生菌，使其調理功效大打折扣，而空腹的情況下大部分活的益生菌都可以進入小腸中發揮作用。
益生菌服用方法二：睡前服用
睡前服用益生菌和空腹服用益生菌的道理是壹樣的，因為睡覺前基本不會進食進水胃部不會產生胃酸，加上很快身體就進入休息調理狀態，這時候補充益生菌能更好的幫助進入腸道發揮作用。
益生菌服用方法三：溫水/冷水送服
益生菌是壹種生活在體內的細菌因此溫度適宜情況下活性較好，因此在服用益生菌是選在用和體溫相近的37度左右的溫水最好，避免了熱度將活性菌殺死，而如果是粉劑的益生菌則更適合用冷水服用，且為了保持活性菌的濃度沖調的水不要超過八十毫升，並且沖泡後半小時內服用完畢最好。
益生菌服用方法四：和合生元壹同服用
益生菌和合生元是很好的壹對搭檔，研究發現合生元能幫助益生菌增值十倍到壹百倍，合生元能給益生菌提供能量促進繁殖，因此兩者合起來服用對於益生菌在體內的效果可以大大提升。
益生菌服用方法五：堅持服用
益生菌要想在體內達到較好的效果就需要堅持服用，只服用壹次完全基本起不到調理的作用，最少要堅持十天以上才會有比較明顯的效果，服用的同時還需要保持良好的飲食習慣、生活習慣，要想效果好需要鞏固服用壹兩個月左右。
益生菌服用方法六：避免和抗生素壹起服用
益生菌和抗生素是不能在壹起服用的，因為抗生素的作用是殺死有害菌同時也能殺死益生菌，因此同時服用的時候益生菌並不能發揮作用，而服用抗生素後會導致腸道菌群不平衡，所以要在服用抗生素四個小時後再服用益生菌。
益生菌服用方法七：早飯前半個小時
益生菌的主要功效就是調節腸道健康，很多寶寶、兒童等出現這壹問題的時候可以服用益生菌，這時候服用的最佳時間就是早飯前的半個小時，這時候益生菌能很好的發揮左右而且有利於早飯消化吸收。