南京大學軟件學院的辦學定位：“軟件學院是南京大學所屬的教學研究型工科學院。學院實行企業化管理，註重工程技術研究與開發，面向世界、面向社會、面向市場培養多層次復合型高素質的軟件實用人才。南京大學軟件學院立足於培養具有國際競爭能力的高素質復合型軟件實用人才，立足於為中國民族軟件產業振興培養對國際軟件產業認知的高水平工程人才。學院在以下五個方面已經形成或正在形成創新點：
● 壹個與國際市場需求接軌的產學研相結合的軟件實用人才培養模式。
● 壹個理論教學、技能培訓和工程實踐相結合的教學模式。
● 壹個體現學科發展趨勢和滿足軟件產業需求的課程體系。
● 壹個符合教育體制改革導向的學院管理模式。
● 壹個面向社會的科技開發和科技服務體系。