旗和縣的主要區別在於旗屬於內蒙古特有的縣級行政區，而縣則屬於中國普遍的縣級行政區，是標準的地方行政單位。
旗和區的區別主要在於行政級別不同。旗屬於正處級行政級別，是標準的地級行政單位；而區則可能是多種級別，較普遍的區是副廳級行政級別，是壹些城市或省份設置的標準二級行政區。
總的來說，旗和縣都是縣級行政區，但屬於不同的地方行政單位，而區和旗則主要是行政級別上的差異。