1、功能不同：南京南站是壹座只停靠高鐵動車的高鐵站，而南京站是壹座停靠普速車為主、兼顧高鐵動車的普高混合型火車站。南京南站主要服務於高鐵旅客，而南京站則服務於普速列車和部分高鐵列車。
2、地理位置不同：南京站位於南京市玄武區，前臨玄武湖，後枕小紅山，是中國唯壹臨湖依山的火車站，被譽為“中國最美火車站”。南京南站位於南京市雨花臺區，地理位置相對較為平坦。
3、服務類型不同：南京南站是華東地區最大的交通樞紐之壹，也是國家鐵道樞紐站，擔負著重要的運輸任務。南京站雖然規模較小，但也是南京鐵路樞紐的重要組成部分，承擔著客運和貨運的任務。