答：在“來自黑衣組織的女子，連續兩大殺人事件中”，灰原出現了，他們之間沒有什麽關系的，只不過在後面的相處中，灰原慢慢喜歡上了柯南，僅此而己，想看他們曖昧的情景的話，請觀看521集片頭曲REVIVE中，他們兩個在沙漏背景下的情景
2.灰原是誰？
答：灰原哀，小學館王牌作品《名偵探柯南》2號女主角。雖然比不過柯南的推理能力，但是她那穩重的性格加上隱藏在那弱小身軀中的深思熟慮的智慧，不得不讓人去珍惜她的每壹段臺詞，每壹個微笑以及每壹次凝望的眼神
原名宮野誌保(Shiho Miyano)，代號雪莉(sherry)，父親宮野厚司（Atsushi Miyano）,母親艾蓮娜（英國人）（Irene Miyano），還有壹位聚少離多的姐姐——宮野明美（Agemi Miyano）。因父母均為黑衣組織成員，所以兩人也成為組織成員。誌保在黑衣組織中為少數頭腦頂尖人物，與其父壹樣是個科學狂人，固受命開發制造毒藥。但與此同時，父親因車禍死亡，而母親卻在此事中下落不明，姐姐的男友赤井秀壹是FBI，姐姐因希望脫離組織而被琴酒(Gin)暗殺。誌保因此背叛組織，在等待組織處決前吞下了自制的毒藥：APTX4869而變小，成功地從被關押的毒氣室的垃圾道逃出。逃離組織後，走投無路的誌保去找她唯壹的希望：工藤新壹。卻因饑餓寒冷在新壹家門前暈倒，被好心的阿笠博士收留，就讀於新壹變小之後(即江戶川柯南)所在的帝丹小學1年級B班，化名為：灰原哀（Haibara Ai）
名字來源：
“灰”是推理小說中的女偵探Cordelia Gray寇蒂莉亞·葛蕾的“Gray”，“哀”是V.I. Warshawski
V·I·渥修斯基(電影名,中譯名為《小鬼頭，大神探》)的"I"
日文：はいばらあい (哀，日文為“あい”，其羅馬音標註為“ai”，讀音同英文: "I")
羅馬拼音：Haibara Ai [灰:はい,hai ；原:ばら,bara(r發l的音)； 哀：あい,ai]
原名： 宮野誌保 (日英混血)
羅馬拼音：Miyano Shiho
日文：みやのしほ [宮：みや miya；野：の no; 誌：し shi ；保：ほ ho]
代號：雪莉（Sherry）
（Sherry是壹種典型的酒精強化葡萄酒，其味道香甜。原產地是西班牙的安達魯西西省。它的釀造方法是將原料葡萄先晾幹，等等水分減少、糖分增加時開始榨汁，然後裝入橡木桶中在陽光下曝曬發酵，最後再加入白蘭地增加酒精濃度。）
昵稱：小哀 [日文：哀ちゃん Ai'chyan]
年齡：7歲 (實際年齡:18)
初登場：漫畫19卷FILE.190 5萬6千名人質(5萬6千人の人質) TV129來自黑暗組織的女子
生日：目前官方尚未公布
星座：摩羯座
身份：原為神秘黑暗組織的研究員，後成為少年偵探隊壹員 （漫畫18卷 TV129來自黑暗組織的女子）
變小原因：因組織殺害她姐姐宮野明美,所以背叛他們而停止藥物的研究，之後就被組織關入毒氣室。本來是想吃下APTX4869 自盡，卻變小逃脫。 （漫畫18卷 TV129來自黑暗組織的女子）
最大的發明：APTX4869（使新壹變小的藥，意為“殘廢的名偵探）
身高：105CM（工藤泉子提供）
體重：18KG
性格：博學多才，善於解暗號（不比柯南遜色，給女生爭了口氣）。思想令人捉摸不透，話少，異常的冷靜。冷酷（光彥說她溫柔…）的外表潛藏著神秘的魅力。朦朧的善良，冷淡的天真，有些叛逆思想（愛作怪）。嘴巴不饒人（柯南總得讓她三分）。意誌十分堅強。似乎對新壹是有那麽點感覺（常對柯南開玩笑），沒把握的事不做，不確定的話不說。
血型：AB
頭發：波浪卷發
發色：茶色(也說咖啡色)
補註——M3 世紀末的魔術師：深橘紅色；M4 瞳孔中的暗殺者：金黃色；其他：茶色
住所： 變小後寄住於阿笠博士家 米花路2段22巷 新壹家隔壁（漫畫18卷 TV129來自黑暗組織的女子）。附帶提壹句，新壹的家是米花路第2段21號，而福爾摩斯家的住址：貝克街221號B，有何感想呢？而且“米花”在日文念“BEIKE”。
興趣：看女性時尚雜誌；耍弄柯南（新壹）；看足球賽；照顧小動物.電腦.
特長：假哭 電腦 制藥 開玩笑 耍冷 射擊 (舉槍嚇唬柯南的姿勢很酷呢）
常用表情：無表情，或冷笑。小哀最令人喜愛的地方就是冷漠中的那壹絲似乎是看到了她所向往的東西時的笑容。
偶像：愛因斯坦,愛迪生
喜歡的電影：《愛因斯坦的光榮與苦惱的日子》
喜歡的顏色：血紅色（漫畫24卷 TV176-178再會黑暗組織——GIN to 灰原：“用妳最喜歡的玫瑰那種血紅色......慶祝我們的重逢……”）
喜歡的植物：玫瑰
喜歡的球隊：BIG大阪隊
喜歡的球星：比護隆佑（據柯南說因為比護和小哀很像，都是背叛者）
喜歡的飲料：咖啡 （漫畫20卷 TV174 20年後的殺機?新佛尼號連續殺人事件）
喜歡稱呼某人（柯南）：笨蛋 [A'ho] (步美)傻女孩
壞習慣： 1 在研究或查資料時，誰敢打擾她就完蛋了 漫畫34卷 TV188-193懸命的復活 。
2 動不動就用槍對準某人 漫畫18卷 TV129來自黑暗組織的女子 漫畫34卷 TV188-193懸命的復活
願望：（我估計她說的是開玩笑性質）壹副無聊又略帶刁難的表情“我要帕蓮奴的最新款手袋” 漫畫37卷
家人
1 、姐姐：宮野明美（Agemi Miyano）
在外假名：廣田雅美。為了讓姐妹脫離組織，參與10億元搶劫案後被Gin殺害（漫畫2卷 TV13奇怪的尋人事件 TV128黑暗組織10億圓強盜事件 FILE.181 為什麽(どうして)）
2、 父親：宮野厚司（Atsushi Miyano）（名字來源：《名偵探柯南》的動畫總監青野厚司）
在科學領域很出名，被稱為“被科學界放逐的瘋狂科學家”，待人和氣有禮，與阿笠博士還是舊識。（漫畫FILE.398 牽絆的友情1(引きさかれた友情1)）
3 、母親：宮野艾瑞娜（Irene Miyano）也是科學家，不是很有名，褐色長發。戴著正圓形鏡片眼鏡。英國人，曾至日本留學，沈默寡言，在File.425 裏，看得出她對女兒的愛。被組織裏稱作 Hell Angel(墮落在地獄的天使)（漫畫FILE.424 小小密室殘留之謎(小さな密室に殘された秘密)）
——父母都是研究“讓死人復活的神秘藥物”。（漫畫38卷FILE.384 意外之寶(意外なお寶) TV312 夕陽染紅的女兒節人偶(前篇) (夕陽に染まった雛人形（前編）)
——都死於“意外”。（漫畫24卷FILE.242 白色世界(白の世界) TV176-178 與黑暗組織的接觸）
姐姐男友：赤井秀壹（FBI成員，開始是利用明美打入組織內部，後來有了感情。明美在參與10億元搶劫案前曾發訊息給秀壹，詢問秀壹如果她能活下來，是否願意做她的男朋友。但事實總是殘酷的。明美遇害後，秀壹時常看著這封訊息以回憶明美）
喜歡: 柯南
恩人：阿笠博士
初登場：
漫畫：18卷之FILE.6 轉學生；
TV：129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件
OVA：1 Conan vs KID vs Yaiba 寶刀爭奪大作戰
劇場版：M3 世紀末的魔術師
變小後第壹次恢復身體：漫畫24卷FILE.10 來自過去的子彈，原因是喝了中國的白幹
哀與蘭的初次見面：漫畫25卷之FILE.9 負傷的偵探團 ；劇場版M3 世紀末的魔術師
哀首次與蘭主動友好接觸：漫畫31卷FILE.7 勇氣的決斷
聲優：林原惠美
原型：鐵諸羽
『哀的才能』
1、日語：這方面不用說了吧，目前為止她和其他人交流都是說日語……
2、數學：在《1200萬人質》中和《朝向天國的倒數計時》中灰原脫口而出的計算結果相信為大家壹驚吧！
3、英語：很小的時候就被送到美國留學，相信英語不是問題吧！
4、物理：同樣在《1200萬人質》中和《朝向天國的倒數計時》中灰原對物理知識的應用也是顯得相當純熟的．
5、生物化學：這就更不用說了，僅僅是APTX4869就足夠說明了吧！
6、歷史政治：就《貝克街的亡靈》而言，說明灰原對日本的世襲制度是相當了解，並且分析透徹．以及在394 怪屋大冒險(封印篇) 395 怪屋大冒險(操縱篇) 396 怪屋大冒險(解決篇)中她說出比利時的諺語：鉆石還是要用鉆石切割。另外她還十分清楚的說出鉆石傳入日本的時間是14世紀，足見其功底。
7、射擊：在第129集露了壹手，也是在組織中保護自己的方法之壹，看來水平已經相當高了．
8、幽默：灰原的幽默也是很有特點的，不過不知道她原來在組織中也是這樣嗎？怎麽可能？
9、推理：曾經獨立推理過案子，並也善於解暗號和設計暗號，在412集中甚至壹度把柯南難住．
10、警覺性：在這方面有時灰原的警覺性要強於柯南．具體可以參見劇場版4：瞳孔中的暗殺者。
11、電腦：這個不用說了吧!每天晚上的必修課．
12、開快艇：是第9部劇場版演的．
13、醫學：穿白大褂吃飯的人，我不用說了。表現在TV版467《堅不可摧的雪人》（下集）中對因摔倒在雪地中而流鼻血的元太進行包紮和救護。
14、心理學：懂得心理學，但沒GIN強．
15、記憶力：混血人的記憶力，可不是鬧著玩的．
16、料理能力：tv版裏376集裏有哀做飯的片斷．
17、營養學：應該不錯吧！不然怎麽把博士管的壹楞壹楞的！
18、西班牙語：在劇場11中露了壹小手，迅速熟練的用西班牙語說出了2個女神意思，想必小哀西班牙文也很精通．
19、演技：多次在他人面前裝小孩、裝哭..這些足以證明小哀的演技絕不是鬧著玩的。哀模仿柯南裝可愛的經典句子“啊咧咧”“好奇怪哦”
20、耍冷：常讓柯南措手不及……
21、反應能力：經常在柯南要說出關鍵詞時搶先插話，如果妳看的是日文版的就會聽見柯南的“ha……i……ba……ra……”同時眼睛呈半圓狀……
22、出冷謎語和拆解冷笑話：至今出過2個謎題，其中壹個難倒了柯南（最後費了好大勁解開了），其中壹個難倒了步美、光彥和元太（也是最後費了好大勁解開了）；經常拆解博士出的冷笑話。
23、威懾力：在M3裏，最後，毛利小五郎也乖乖地跟著小哀走，說明小哀的威懾力還是很強的。
24、語言能力：在與柯南的對話中，我們可以發現很多令人琢磨的句子，經常壹語雙關的諷刺柯南（無語ing）
25、理解力：在與別人的對話中，可以聽出許多句子的隱含之意（尤其是柯南）
26、音樂能力：小哀她有音樂天賦，對音樂也很懂得，在140話裏小哀憑借音樂課上老師彈奏的曲子判斷出了步美在危急時刻發給少年偵探團的暗號，因此拯救了處在歹徒威脅之下的步美，在M12中，擁有絕對樂感的憐子說小哀唱歌好聽(不過"要唱得更象小孩壹些")，在高潮的部分，小哀憑借吹小笛子給處於槍口下的柯南暗號，令柯南以及警官準確的射中歹徒，成功將歹徒擒獲。
27、觀察能力：在《與黑暗組織接觸》中，哀發現抽屜裏的東西的位置發生了變化，說明哀的觀察能力很強啊
28、反應能力：有時候比柯南反應還快，例子很多，不說了
29、比利時語：在394 怪屋大冒險(封印篇) 395 怪屋大冒險(操縱篇) 396 怪屋大冒險(解決篇)中她說出比利時的諺語：鉆石還是要用鉆石切割。
30、鋼琴：在12劇場版戰栗的樂譜中 為了讓大家明白什麽是絕對音感就對憐子用鋼琴彈出了幾個音，應該也會。
31、基礎天文學：在最新的ova特輯《追尋迷壹樣的水星怪獸》中，先於柯南看出哈雷彗星的照片，由此才使得柯南解決了步美等人的疑惑。
33、小提琴；在12劇場版時的海報上出現過，應該會，只是不知道水平。
34、解剖；在藍色城堡事件中，看出那個白骨是大太太，所以學過解剖，不然怎麽懂得人體構造?
35、西洋棋；在129集中，拿起西洋棋裏的將軍對柯南說，學過吧，不然沒學過的人不知道那叫將軍。
36、找東西；看博士在劇場版3時把家裏弄亂找不到錢包時，灰原壹下就找到了。（通過博士的話語了解到的）
37、註意力；註意事物很厲害，也是在劇場版3時，坐上博士的車時，發現步美他們三個也上車了。還註意到彩蛋裏沒有出現拉斯普頃的照片。
38、體育；劇場版3時，步美那三個全都落下去了，只有哀沒有，說明身體的靈活度，也可以看出體育是很好的。
39、泡咖啡；因為愛喝咖啡，不會的話就喝不成了。
40、有愛心；超秘密的上學路中，和那只小貓玩，還有壹次和步美壹起去餵學校的兔子，說明非常有愛心。 41、平易近人；那只貓就可以說明了，只不過是不明顯，不愛表露出來。
42、眼力；射擊需要眼力。
43、家務；在 銀杏色的初戀（好像是這個），了解博士會把家裏弄亂，說不定還有哀的幫忙，也會。（畢竟經常幫大人打掃家務的人現在是越來越少了）
44、藏東西 ；在滿月之謎的雙重謎案的那集，眼睛柯南都找不到.......
45、跑步；逃跑時的必要工具 。
[編輯本段]『名字詮釋』
灰原哀=Haibara Ai
H——hagridden 受噩夢驚擾的
A——adversity 不幸的遭遇
I——icy 冰冷的
B——brave 勇敢的
A——affectation 假裝不在乎
R——reticence 沈默寡言的
A——allure 魅力
A—— alone 孤獨的
I——intelligent 有才華的
（只貼了壹點，詳見/view/4109.htm）
3.柯南，怪盜基德和灰原是什麽關系？
答：什麽關系都沒有，只不過怪盜基德喝工藤新壹的爸爸媽媽是絕世好友，工藤和黑羽好像還是表兄弟
4.為什麽灰原要讓工藤新壹變小，變成柯南？
答：是第1集裏，工藤不小心看到了黑衣組織的交易，黑衣組織也就有了壹個實驗灰原研制出來新藥的機會
5.灰原又為啥讓自己變小？
答：在黑衣組織殺了他的姐姐後（銀行搶劫案），她十分生氣，發誓要退出黑衣組織，GIN怕她吐露風聲，所以囚禁了他，他為了逃脫，吃下了APTX-4869，變小了。
6.為什麽要研制這種變小的實驗？
我也不知道哪個問題動畫片裏有答案，大家看看，能回答哪個是哪個吧，小妹再此謝過啦！
答：在“來自黑衣組織的女子，連續兩大殺人事件”中，灰原說出了原因，可以返老還童，永葆青春。
問題補充：7.最後是以新壹和小蘭的方式結尾還是以柯南的方式結尾？完美結局還是什麽樣的？
答：青山剛唱沒有表露，我們也不知道結局，可是網上有了好幾種說法，這樣，我貼過來壹個，妳先過過癮吧^-^
第壹部分：江戶川文代二度現身
江戶川文代又壹次來到毛利偵探所，說要帶柯南去遊樂園。柯南以為她又是美希子所扮，便不加懷疑的跟上了文代的車。但在車上柯南卻被江戶川文代用手槍控制。原來她是黑衣組織的人，柯南的身份已經被組織完全發現了！
柯南在慌張中還是利用麻醉槍射中了偽裝成文代的敵人，在車子沖下大橋前逃脫，往阿笠博士家奔去。
與此同時Gin從學校綁架了少年偵探團，並威脅哀交出她研究APTX4869解毒藥的數據資料。哀為了救大家把資料給了組織，並被Gin押上了車。
而Gin在開走前卻暗中告訴Vodka在他離開之後就殺死少年偵探團的三人。
在Vodka要槍殺少年偵探團時，柯南終於找到了那裏救了大家，但Vodka還是逃走了。並說組織在等著工藤新壹。
第二部份：沈睡的小五郎－覺醒！
柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落。柯南留下了壹張寫明壹切的磁盤讓博士轉交給蘭，決定自己去面對黑色組織。
但磁盤被闖入博士家的英語老師Judy拿走了，原來她是黑衣組織上層安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新發明彈射坐椅欺騙了Judy，逃過壹死來到了毛利家。當阿笠博士正想告訴小五郎和蘭現在的狀況時，卻發現坐在偵探所客廳裏的毛利呈現出沈睡的小五郎的姿勢！而毛利面前的筆記本上寫著“工藤新壹”“柯南”“黑衣組織”等等。
原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沈睡的角色就是為了調查出柯南的真實身份和整個事件。毛利在沈睡般的深思中展現出他真正的實力，通過柯南留下的磁盤資料推理出了黑衣組織的所在。
與此同時，FBI特工赤井秀壹來到同事Judy家，意外的發現了的柯南的磁盤。他偷偷的把磁盤取回了家。秀壹解開密碼後閱讀了柯南的自述以及對整個事件的推理。他對同事Judy的身份開始懷疑，但卻突然被人從後面擊昏。
而這時在米花町，放學回家的蘭在門口意外的聽見了小五郎和阿笠博士的對話，終於確定了柯南就是新壹！蘭在淚水中決意要以性命為賭註，為救回新壹與黑衣組織絕壹死戰！
第三部份：小說家的意外訪客
赤井秀壹被Judy帶回了組織。Gin威脅秀壹加入組織，最後的考慮時間為2小時。
因為有了哀的數據和配合。兩小時之後，組織的藥物數據計算終於就可以完成。也就是傳說中的“同時成為上帝和魔鬼。讓時間倒轉，死人復活”藥物的完成。
在世界的另壹邊，工藤優作和美希子也收到了博士的消息。優作第壹次讓美希子進入了他的密室，原來這裏就是工藤優作獨自對抗黑衣組織的總部。而小說家不過是個用來收集資料的幌子。
工藤優作和美希子明白決戰的時刻已經來臨。收拾裝備之時，前門突然出現了意外的訪客——目暮警官。
目暮警官撕下自己臉上的偽裝。優作驚訝的發現到來的客人居然是自己從學生時代便結交的死黨，自己還當了他兒子的教父！
他就是曾經揚名世界的偉大魔術家——黑羽先生！
優作看見10年前已經被判定為失蹤的老朋友非常吃驚。而黑羽開門見山的告訴優作，自己這十年也壹直在獨自對著抗黑衣組織。方式就是讓自己的兒子黑羽快鬥在世界範圍內尋找壹塊特殊的寶石。而就在今天快鬥卻給他發來了代表最後決戰的消息：關於寶石、新壹、黑色組織以及人類的未來。他這才以黑羽的身份重新回到人間！而他的兒子也被人稱為平成的亞森羅賓。優作這才恍然大悟，原來自己的教子就是怪盜基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚來到了東京塔下，東京世界博覽會正在這裏召開。原來黑衣組織的本部就是東京的中心！柯南騙過了警衛進入了地下室的暗門。
這裏是另外壹個地下王國。柯南利用阿笠博士交給他的電腦在警衛房間裏侵入了黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密數據時，柯南意外的被人從後面擊昏，那個人居然又是Gin。
得到部份數據的阿笠博士將大家所擁有的信息整理到了壹起，由優作和小五郎壹起推理出了驚天的結論：黑衣組織的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的的支持者！組織的壹部分重要功能就是以非法手段達到日本的擴張！
而美國政府也早有察覺了這壹點，並且指使FBI特工暗中介入。事實上美國也想通過操作組織來控制日本。
當分析出這壹結論之時，毛利租來的車子已經開到了東京塔下。
關押赤井秀壹的房門突然打開，走進來的是——“Sherry”。
第五部份：接近
畫面在赤井秀壹的回憶中展開。他居然是宮野誌保的童年最珍貴的夥伴，是唯壹願意和宮野誌保玩的孩子。也正是因為這樣，赤井秀壹才在第壹眼就解開了哀身份的迷題。
哀並不承認自己的身份，她說可以放走秀壹，條件是要他永遠不要再回到這裏。兩個人在爭吵的時候Judy出現了，秀壹為救哀而死，留下遺言：“無論在那個世界，妳叫什麽名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的槍口指向了哀。
這時毛利小五郎也闖入了組織內部，在組織訓練殺手的道場用空手道打敗了壹群職業殺手。就在他洋洋得意之時，總教練出現了，居然是日本空手道冠軍風間仁。小五郎被打敗了，但跟蹤而至的蘭卻跳了出來，蘭在被風間的實力打入絕望之時耳邊傳來新壹的呼喚，蘭終於爆發奧義，壹擊之下擊倒了號稱不敗的風間。
Judy正要槍殺哀時，Gin突然出現了，把槍口對準Judy。他命令Judy放下槍，並說哀對組織還有用。Judy奇怪的問：“不是妳要我到這裏來殺死她的嗎？”Gin突然扣動扳機，壹張撲克牌打中了Judy的手。原來這個Gin是基德扮成的。基德讓哀先去救柯南，自己在這裏看著Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而這壹切都被組織內部的攝像機拍攝到了。
這時優作也已經趕到了東京，越來越多的信息匯集起來，在他的特殊計算機分析下顯示出了壹個結論。優作看著屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有壹個
Gin和Vodka不知去向，哀順利的找到了柯南。原來在地下還有組織的列車，兩人乘著封閉的列車來到了組織的“聖殿”。
聖殿的正前方是壹塊巨型液晶墻，上面出現的居然是前首相吉田的臉，他神色猙獰的說出壹切。
秘密被完全的解開：基德和他的父親黑羽之所以以寶石為目標，並不是因為寶石值錢的原因，而是因為其中的壹塊寶石並非出於地球，而是來自銀河系之外！它特殊的物質可以放出特殊的射線，改變細胞的分裂成長方向，從而讓細胞獲得永恒的生命！
為了在黑暗組織之前找到寶石，黑羽本人假裝葬身雪地，讓自己的兒子扮演怪盜來尋找寶石。但基德卻也壹直沒能找到它。因為寶石很早就已經落入了黑衣組織之手，也正是在寶石射線的啟發下，黑衣組織才開始了“不死藥”的計劃。
但又因為想要合理的釋放出寶石的能量必須解開特殊的方程，需要設計出高級的程序來計算射線的不同狀態，組織於是才在世界範圍內招募最壹流的電腦程序員。
屏幕上吉田所有的話被阿笠博士用無線電傳給了外面的毛利等人，大家都非常驚訝。哀說：“不要再躲躲藏藏了，快出來和我們壹決勝負吧。”
“恐怕他是不會出來的。”柯南低下頭，眼鏡閃著銀色的光芒說出了令人震驚的話：“因為他早就死了。”
第七部份：人的戰鬥
柯南完美無暇的推理出了不可思議的結果：吉田首相早在5年前就死去了，殺手正是這個地方的安全保衛系統。也就是說，現在黑衣組織的最高頭腦，就是這臺具有人工智能的電腦而已，它以利益時間比最大化的程序來發布組織的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承認自己的身體的確因為心臟病而失去功能，但自己的腦組織結構和DNA數據被完整的保存在的超級計算機中。只要方程能夠被解開，自己就能獲得重生。這時電腦突然顯示射線的方程被解開了，重塑吉田的工程開始。
吉田哈哈大笑，但相關的機器突然爆炸。還是胚胎條件的新的軀體毀滅了。原來是電腦AI自己下了這個命令，並將吉田的所有數據都刪除了。AI認為自己完全統治黑衣組織才是最大化的利益。
這時大殿的頂棚突然打開，地面升了起來。柯南發現他們居然到了在停K在東京灣的巨輪甲板上。原來這艘作為黑衣組織大腦的巨輪長期飄蕩在太平洋中央，用通訊衛星來操縱世界各地的成員。
站在甲板上迎接他們的是持槍而立的Gin。
Gin向柯南扣動了扳機。
第八部份：江戶川柯南VS工藤新壹
哀擋住了射向柯南的子彈，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨輪的自動排外系統啟動。目標是壹切生命體，Gin被桅桿的狙擊槍射中，壹發又壹發直到確認心臟停止。
柯南死死的擋在哀的身上，萬幸的是他們的因為目標過小不予判定。
天空漸漸就要亮了，哀微笑著拿出粘血的藥丸，世界上唯壹的壹顆APTX4869解藥。
“柯南，好想永遠和妳在壹起。但我們沒有機會了吧。”哀握著解藥的手伸向柯南的臉：“吃下去吧。”
“笨蛋！這顆解藥只要得救之後分析成分就能復制了啊！”柯南抱緊了哀。
“不要。”哀突然大聲的咳嗽起來，在壹瞬間把藥塞進柯南的嘴裏。“妳還不明白嗎？”哀看著柯南意外的吞下藥丸，緩緩露出笑臉：“這是科學和推理無法解釋的問題呢！”哀在閉上眼睛的時候用只有柯南聽得見的聲音說：“不是工藤新壹。我愛的人，是江戶川柯南。”
“哀——”藥物和心意壹起讓柯南感覺無比疼痛，他昏了過去。
優作和小五郎在突然之間靈光壹閃。優作終於找到了破解這個由科學與邏輯組成的巨大機器的銀色子彈。
第九部份：銀色彈丸，我們的約定
人類擊潰壹切邪惡與魔鬼的銀色彈丸就是無可代替的“愛”。“愛”就是科學與邏輯永遠無法解釋的程序。
工藤優作發送的銀色彈丸在以瞬間傳導到了電腦中樞。超級計算機由於溢出的計算以及以及無法模擬程序方式而最終崩潰。巨輪倒數五分鐘的自爆裝置開始啟動。新壹在迷迷糊糊中聽見了熟悉的呼喚：“新壹！新壹！”還有直升機的聲音。
壹切都結束了：巨輪在太陽升起的時候爆炸了。
新壹坐在了海邊見那種比太陽還要耀眼的光芒，暗想：“江戶川柯南已經不存在在這個世界了。他已經和哀壹起去了屬於他們的幸福花園。而我……”他轉過頭看見立在身後淚水瑩瑩的蘭。
“終於實現了，我們的約定！”新壹把蘭緊緊的抱在懷裏，很久很久。
新壹突然看見站在遠處朝霞裏的少年偵探團，他習慣性的想跑過去和大家壹起，但腳步又突然停住。新壹緩緩的轉過身去，用只有自己能聽見的聲音說：“大家，再見了。”
他慢慢的往另壹邊的人群中走去，沒有回頭，咬緊牙齒淚水居然都忍不住模糊了眼睛。壹顆很大的淚珠突然滑落，之後更多的淚水緊隨其後落下。
新壹聽見步美的聲音：
“再見了，柯南同學。”
好累啊，姐姐，我難得上網，現在我該下了，給我點分吧
謝謝！