《哥斯拉大戰金剛》的片尾沒有彩蛋。
劇情講述自從魔斯拉、翼龍拉頓、三頭龍基多拉和哥斯拉混戰結束後，帝王組織已經在骷髏島建立了觀察區，大部分資料也向公眾開放；此時的金剛也已經長大。壹家高科技公司APEX利用資料，嘗試壹項大膽的任務，意圖消滅哥斯拉，但這壹任務風險和危機***存。
然而，哥斯拉感應到了APEX的機械巨獸，開始向人類發動攻擊；APEX見狀決定利用金剛探尋地心世界以獲得更多能源。壹心只想回到真正的家園的金剛與他的保護者們踏上了壹次艱難的旅程。
與他們壹道前行的還有壹個年輕的孤兒女孩——吉雅，這個女孩與金剛之間存在著壹種獨特而強大的緊密聯系；但意想不到的是，他們在前行的航道上與憤怒的哥斯拉狹路相逢，深藏在地心深處的奧秘也由此揭開。
劇中重要角色：
1、哥斯拉
每當邪惡巨獸侵襲地球時，哥斯拉必會從深海中覺醒，勝利之後仍保持自己獨來獨往的風格低調離去，從不理會人類的贊揚或誤解。這頭遠古巨獸身高120米，體重足足有16.4萬噸，具備超強的骨骼拉力強度，吐息時能夠釋放315萬億焦耳的能量。
2、金剛
骷髏島的守護者，它是與哥斯拉相匹敵的強者，除了力大無窮、復原能力極強外，還擁有善用工具、借助外力的聰明頭腦。在骷髏島壹役中，正值青少年時期的他怒鬥骷髏爬蟲壹戰封神。已成長為壯年的他又許下諾言保護人類小女孩吉雅，獲得權杖加持全新神力。