本片劇情接續電影失落的帝國，故事是發生在 Milo 與 Kida 留在亞特蘭提斯之後的事情。幾艘貨船途經亞特蘭提斯北方的海面遭受攻擊，於是 Milo 、Kida 跟隨來訪的探險小組壹同展開調查，卻發現攻擊者並不是機器龍蝦，而是其他神秘的力量。渡過這次危機之後，Kida 為了找出魔幻水晶最適合的安排方式，便和 Milo 與探險隊員踏上旅程，她要查出為何當初她父親要把水晶隱藏起來，害他們的文明差點毀滅。他們也要做出決定，到底該把魔幻水晶拿來運用呢？還是將其永遠隱藏起來？