洪秀全本只是個純粹的“精神領袖”
天國亡於洪秀全。但追溯起來，洪並不是天國的創造者。《李秀成自述》裏說：“南王馮雲山在家讀書，其人才幹明白，前六人之中，謀立創國者出南王之謀，前做事者皆南王也。”換言之，“開國者”，馮雲山也。
1844年，馮雲山囊空如洗進入紫荊山，三年後，當地信徒已達2000余人。期間，被馮雲山終日念叨的“教主”洪秀全，始終神龍見首不見尾。直到金田起事前夕，洪壹直都未曾在教眾面前露面。李秀成說“謀立創國者出南王之謀，前做事者皆南王也”，實為天國高層***識。長期以來，洪只是壹尊宗教偶像。
起事後，戰爭成為太平軍日常事務。軍事領袖地位上升，宗教領袖地位下降，是必然之事。來自廣東的洪秀全和馮雲山不得不在領導班子排序上向廣西本土實力派楊秀清和蕭朝貴們妥協。結果是：教主洪秀全仍居壹把手，馮雲山則由二把手退居四把手，楊秀清、蕭朝貴分別上升為二、三把手。但壹把手洪秀全實際上從未掌握實權，楊秀清總攬了軍政大權。日後出師北伐，檄文《奉天討胡檄》上，居然也只用了楊秀清和蕭朝貴的名義，見不到洪秀全的名字。換言之，洪只是“虛君”。
但是，洪秀全並不甘心只做“精神領袖”；楊秀清們也不可能讓洪真的擁有“精神領袖”的實質號召力。沖突，於是不可避免。
楊秀清與洪秀全之間的意識形態路線鬥爭
金田起事之後，馮雲山承認了楊秀清搞的天父下凡的把戲——楊在1848年春以“上帝附體”方式發言，從此取得了天父代言人的地位，平時位次洪秀全，但當“天父附體”時則超越洪秀全，所說的話具有至高無上的權威。楊的把戲同樣是實用性的，與宗教無關。
實用派、實力派宗教領袖馮雲山的過早戰死，改變了太平軍中教權與軍權之間的比重——
偶像派宗教領袖洪秀全在失去馮雲山的支持之後，面對軍事領袖楊秀清和蕭朝貴壹而再再而三的“天父下凡”把戲，毫無還手之力，發展至極端，楊秀清甚至敢借“天父下凡”當眾打洪秀全的屁股。
楊、蕭等人實無真的宗教信仰，當年馮雲山運動他們入夥，即絲毫不曾提及宗教。因此，太平軍內部，在宗教領袖洪秀全和軍事領袖楊秀清等人之間出現路線之爭，也就成了理所當然的事情。
這壹路線之爭的明朗化，最早可以追溯到1853年太平軍攻克武昌。進入武昌後，楊秀清曾去拜謁了當地的孔廟。這顯然會讓高呼“打倒孔妖”的宗教領袖洪秀全相當尷尬。由此，也就開啟了楊秀清所主導的儒家路線與洪秀全所主導的上帝教路線之爭。
這場意識形態路線之爭，其實是世俗權力之爭的延伸。缺失了軍政事務決策權的洪秀全，自起事之後，便只能將精力轉註於宗教領域。作為精神領袖，操縱意識形態是洪秀全對付楊秀清最後的殺手鐧。故而，他領導下的刪書衙，對當時主流文化儒家學說大加撻伐，對其他宗教甚至民間宗教也嚴厲打擊。
洪的這些過激行為，在天國底層民眾中造成了思想混亂，其嚴厲的排他性，更給總理政務的楊秀清，帶來了巨大的工作阻力。楊的反彈方式是借“天父附體”斥責洪秀全。1853年5月，洪秀全禁絕儒學焚燒古書剛剛拉開大幕，楊秀清就借“天父附體”傳達指示說：
“天命之謂性，率性之謂道，以及事父母能竭其力、事君能致其身，此事尚非妖話，未便壹概全廢。”
“天命之謂性，率性之謂道”出自《中庸》，“事父母能竭其力、事君能致其身”出自《論語》。楊秀清認為這些話不是妖言，不宜全部廢除，實際上是敲打洪秀全，對其意識形態工作表示不滿。
但洪秀全無視了“天父”的旨意，壹意孤行，禁絕儒學和焚燒古書的運動愈演愈烈。1854年正月二十七日傍晚，楊秀清“天父附體”傳達旨意的語氣變得強硬起來，明確指示：“千古英雄不得除，流傳全仗笥中書”；“千古流傳之書不可毀棄”；“真心忠正的臣僚傳述總要留下”。楊秀清顯然已經相當憤怒，幾個小時後，“天父”再度下凡，勒令洪秀全必須停止他瘋狂的意識形態運動。楊的威嚇起到了預想中的震懾效果，此後，再未見洪秀全有大規模焚書的記載，而是代之以刪改四書五經的妥協政策。
鬥爭並未終結。具體的過程不再重要，結局是：1856年，洪秀全策劃“天京事變”，血洗了楊秀清和他的東王府勢力。這位天國“精神領袖”，終於心滿意足地實現了自己夢寐以求的“政教合壹”。但正如楊秀清所評價的那樣，洪教主的平庸和短視是致命的——