峽谷的密林裏發育著由阿丁楓、印度栲、小果紫微等組成的熱帶低山半常綠雨林。其中有從各類亞熱帶山地常綠闊葉林向溫帶針葉林過渡的通麥櫟林和俅江櫟林,它們在幹濕季有明顯的落葉季相,甚為特殊,因而,國內壹些學者稱其為半常綠闊葉林。
據生態學家鄭維烈介紹,在大峽谷,海拔在2500米到2600米間為雲南鐵杉和薄片青岡及俅江櫟組成的針葉闊葉混交林;2600米到3600米間則發育著雲南鐵杉林,墨脫冷杉以及大果紅松林組成的亞高山針葉林帶;3600米到4000米間為杜鵑灌叢和由柳、忍冬等組成的雜木灌叢;4000米到4500米為高山流石灘植被;4500米以上則為冰雪帶。在不同的植被帶上又孕育了各自不同的物種。
這裏所擁有的珍稀瀕危植物數量之多、種類之豐富,在我國的其他地區也是少有。國家紅皮書上所記載的千果欖仁、百日青、滇桐等在這裏都可以找到。名貴的觀賞花卉獨占春和在國際市場上價格高於黃金的黑節草等,在中國其他原產地幾乎已找不到。野生資源在這裏保存完好,已發現的暖地杓蘭、墨脫皂莢既是珍稀的特有種,更是植物系統進化中古老的殘遺種。據不完全統計,大峽谷維管植物就有特有種近150種之多,中國植物區系中約有近100多種如咖啡屬的藏咖啡、藏瓜屬、血紅蕉等也只生長在這壹地區。-
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