2015年8月6日起，南京祿口國際機場正式開通手機微信值機、網上值機和壹證通關服務。手機微信值機和網上值機能滿足旅客可以隨時、隨地挑選座位的需求，尤其是遇到節假日等客流高峰更是可以省去許多時間。
微信值機：旅客打開微信，在公眾號中搜索“南京祿口國際機場”加關註，即可進入南京祿口國際機場官方微信，在“航班服務”項中選擇“微信值機”，通過身份證、護照號或電子客票進行登錄辦理值機，選擇心儀座位，獲取電子二維碼。另外在微信中通過“航班查詢”定制自己的當天航班，能享受航班延誤通知、登機口變化、登機通知、催促登機等信息專享服務。需要提醒的是，微信值機開始時間為航班起飛前壹天的08：00，結束時間為航班起飛前40分鐘。
網上值機：用電腦打開機場官方網站（官網鏈接請點→ ），點“網上值機”，就進入網上值機頁面，旅客可以選擇身份證號、護照號和票號三種方式進行身份證件驗證，辦理網上值機，獲取電子二維碼和電子登機牌，旅客可將二維碼保存至手機，或可打印二維碼和登機牌。旅客可在16：00以後，辦理次日南京始發的國內航班，網上值機在航班起飛前2小時停止辦理。需要說明的是：機場微信值機和網上值機服務主要適用於乘坐國內航班的普通成年人，不含需辦理特殊服務申請的旅客，如重要旅客、傷殘旅客、殘疾旅客、革命傷殘軍人和警察、孕婦、無人陪伴老人、特殊餐食等。兒童、嬰兒和攜帶嬰兒的成人旅客，以及乘坐中轉聯程、改簽、未確定航班、航班代碼***享航班的旅客也無法辦理網上值機。
註意事項：如旅客已辦理網上乘機登記手續，但因特殊原因臨時取消乘機計劃，務必於航班起飛時間120分鐘前，自行登錄網站辦理取消乘機登記手續。如果旅客辦理網上值機登記手續後，需要進行簽轉、退票等操作的話，先在網上值機上自行取消座位，之後進行後續相關操作。或者旅客可以直接到達相應機場，由機場值機櫃臺工作人員為旅客進行相關操作。如果有行李需要托運，旅客需在航班起飛前1.5個小時到達機場櫃臺辦理。
壹證通關：旅客只需帶好手機電子二維碼和身份證等，在機場國內安檢15或16手機值機專用通道，按安檢員提示操作即可快速通關。祿口機場下壹步還將探索、研發旅客行李自助托運系統和自助登機等服務項目。 2015年9月10日起，南京祿口國際機場實施部分外國人72小時過境免簽政策。這51個國家的公民，只要符合條件，持有本人有效國際旅行證件、第三國簽證和72小時內已確定日期及座位的聯程機票或者相關證明，前往第三國或地區的，不需要申請中國簽證，即可從南京祿口國際機場入境，在江蘇省行政區域內活動停留72小時後從南京祿口國際機場出境。
2016年1月30日起，經國務院批準，在江蘇省南京航空口岸以及上海各開放口岸、浙江省杭州航空口岸，對51個國家持有效國際旅行證件和144小時內確定日期、座位前往第三國（地區）聯程客票的人員，實行過境免辦簽證政策。過境外國人可選擇從上海海、陸、空港口岸或者南京航空口岸、杭州航空口岸任壹口岸入境或出境，在上海市、江蘇省和浙江省行政區域內免簽停留144小時。 2015年9月30日，南京祿口國際機場的文化展廳正式對外開放，國際出發的旅客可以在候機廳內參觀到南京博物院中眾多文物的仿制品，讓旅客最直觀了解江蘇地域特色文化。該展廳位於國際出發隔離區內，總面積近300平方米。今後該展廳將定期展出各類南京博物院館藏品，讓海內外的旅客在南京機場候機的同時，能欣賞到中國最好的文化產品，豐富出行體驗。3至6個月更換壹個主題，讓南京的字畫、工藝品等都能通過展覽的形式，讓全世界看到。
2016年，祿口機場在服務質量和細節的提升上以及南京地域文化氛圍的營造上，繼續隆重推出壹系列文化大餐，如在機場大廳設置城市微縮景觀布展區，分為老南京和現代南京兩個部分，將老南京的風光、老南京人的情懷，現代城市地標、現代城市景觀，形成壹種時空的穿越，將南京的前世今生第壹時間直觀地傳遞給旅客；在候機樓內設置山水南京展示區，展示南京主城及郊區的自然景觀，給旅客更貼心的遊玩指引，同時擺放音樂民俗演奏展示臺，將南京的城市音樂、民俗文化展示給旅客。 2016年3月29日，南京祿口國際機場首個綜合服務點設立在南京機場賓館。綜合服務點，直接引入祿口機場候機樓部分服務功能，提供值機、航班查詢接送等服務；同時提供住宿、餐飲、往返機場的班車等服務，為旅客提供更多選擇。
綜合服務點使得旅客不用趕到機場，在綜合服務點就可以提前辦理值機手續，換取登機牌，提前選座位。綜合服務點配備同步航班信息顯示屏和自助值機，並開設人工值機櫃臺。在綜合服務點換取登機牌後，沒有行李托運的話，到了機場可以直接辦理安檢手續；有行李的話，可以在專門的櫃臺辦理托運。旅客可避免在機場排隊。同時，綜合服務點提供航班查詢等服務，遇到惡劣天氣等情況，旅客可在綜合服務點查詢航班的實時動態，及時調整出行計劃。
此外，綜合服務點提供往返機場的班車服務，上下客的站點就是南京機場賓館。旅客在等候機場大巴時，便可查看航班動態，並提前辦理值機等手續。綜合服務點為南京機場賓館的住宿旅客，提供免費往返機場、免費停車等服務。 2016年2月，國務院批準在全國13個機場口岸和6個水陸口岸設立進境免稅店，其中包括南京祿口國際機場口岸。南京在南京祿口國際機場新增1家口岸進境免稅店，居民旅客在口岸進境免稅店的消費額度也由5000元增加到8000元。壹般商品，在出境免稅店購買要比普通商店價格低20%-30%。
旅客在出境免稅店購物時，壹般要提供本人的有效證件，也就是護照和出境的機票或者登機牌。在信息得到確認後，旅客就可以在出境免稅店進行購物了。
此外，在南京祿口機場出境免稅店購物的出境旅客，也可以享受壹些便捷的服務項目。比如，出境旅客買好了之後，直接寄存在免稅店，然後提前和工作人員約定到達時間以及航班信息。等旅客回到機場時，工作人員會將貨物送到旅客手中。