1、位置不同：揚州東站位於揚州市廣陵區廣陵大橋東側，揚州站位於揚州西區新城，文昌西路啟揚高速揚州西出口東約1公裏處。
2、價值不同：揚州東站是高鐵站，揚州站為揚州與蘇南地區伸展了鐵路空間，拉近了距離的同時，也實行了承南啟北的樞紐作用。
3、車次不同：揚州東站主要承擔東西方向的列車，如寧杭高鐵、滬寧城際等，揚州站主要承擔南北方向的列車，如京滬高鐵、京九線等。