劇情：壹部分是漫畫裏面的，其它的都是原創的，因為這季動畫化的時候漫畫還沒出完，所以只能原創了。boss：但丁+人造人。
TV版結局：
愛德華煉成了艾爾，自己也穿過真理之門來到現實世界跟父親壹起生活；
艾爾先用自己煉成了愛德華之後消失了，後來被愛德華煉成了，但失憶了；
馬斯坦殺了大總統之後中槍，盲了壹只眼睛；
霍恩海姆被但丁弄到門的另壹邊了，與愛德華壹起生活；
但丁失蹤了，估計被格拉托尼吃了；
拉絲特被拉斯用專殺人造人的那個煉成陣殺了；
格拉托尼失蹤了，估計是吃了但丁；
恩維變成壹條半龍半蛇的怪物穿過真理之門；
古利德被愛德華殺了；
斯洛斯（愛德華的母親）被愛德華用煉成陣變成酒精蒸發了，死了；
普萊德（大總統）被馬斯坦燒死了；
拉斯（愛德華師父的兒子）的手腳還給了真理之門，之後裝上了溫莉留給愛德華用的機械。
劇場版結局：（劇情承接TV版）
愛德華先回去煉金術世界打艾卡（協會會長），之後回來了現實世界；
艾爾用拉斯開門，把愛德華帶回來了，之後跟愛德華壹起去了現實世界；
馬斯坦復出，還是老樣子；
霍恩海姆自殺，為愛德華開門；
格拉托尼被拉斯用來開門；
恩維殺了霍恩海姆壹起被用來開門；
拉斯自願為艾爾開門。
第二季：09TV版64集+新劇場版嘆息之丘的神聖之星（2011年7月2日上映）
劇情：鋼煉漫畫的動畫化，完全按照漫畫來走的。boss：父親大人（燒瓶中的小人）+人造人。
TV版結局：
愛德華用壹只腳跟煉金術煉成了艾爾，變成了凡人（沒有煉金術），去西方旅行，與溫莉結婚生子；
艾爾先用自己煉成了愛德華的手腳之後消失了，後來被愛德華煉成了，去東方旅行，貌似與新國的小梅結婚了；
馬斯坦盲眼了，馬力可醫生準備幫他醫治；
霍恩海姆用完了所有的賢者之石，之後老死在愛德華母親的墓前；
父親大人被愛德華打敗，然後被真理之門吞了；
拉絲特被馬斯坦燒死了；
格拉托尼被愛德華他們打敗之後被拉斯吞了；
恩維被愛德華打敗變回原型，之後自殺；
古利德前世先被父親大人滅了，然後重生到姚林身上；後世被父親大人拉出來之後殺了；
斯洛斯被愛德華的師父等人殺了；
普萊德（大總統的兒子）吞了格拉托尼跟金布利，之後被愛德華打回原型，後來交還給大總統夫人；
拉斯（大總統）先被古利林（古利德+姚林）重傷，最後被斯卡殺了。
姚林得到賢者之石回國了。
新劇場版未明確......