《科學的超電磁炮》劇情發生在《魔法禁書目錄》之前，觀看順序是《科學的超電磁炮》、《魔法禁書目錄》。
《科學的超電磁炮》劇情：在面積占據東京都西部的三分之壹，居住著230萬名人口，其中八成人口是學生的巨大都市“學園都市”中，學園都市和外部隔離，研究最尖端科技。所有學生都接受超能力開發，並大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。
有各種類型不同能力，以範圍和威力分為無能力者、低能力者、異能力者、強能力者、大能力者和超能力者。故事從學園都市最強的電擊公主“超電磁炮”禦阪美琴，某天認識了和白井黑子壹樣擔任風紀委員的初春飾利開始。
系列背景：
從東京都西部被分割出來的這座都市中，“超能力開發”被列為學校課程的壹部分（學生作為人體科學實驗對象）。在二百三十萬人口中，有八成都是學生，所以被稱為學園都市。
他們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力高低不同，可以分為6級，從無能力（level 0）到超能力（level 5）。
故事的主角上條當麻是學園裏的壹個無能力者，但並非完全沒有能力，他的能力是能夠將壹切異能之力無效化。他只有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇跡都能抹殺的能力取名為“幻想殺手”。