1、本質不同
啟動子的本質都百是DNA上的堿基對，起始密碼子的本質是mRNA上相鄰的三個堿基。
2、作用不同
啟動子，能活化RNA聚合度酶，使之與模板DNA準確的結合並具有轉錄起始的特知異性，在啟動子上有與RNA聚合酶結合的位點作用是控制基因轉錄的起始時間和基道因表達的程度。
起始密碼子作用是翻譯開始的地方。
3、在遺傳信息表達中起專作用的時刻不同
啟動子在DNA轉錄時起作用；起始密碼子在DNA翻譯中起作用。
啟動子是壹段位於結構基因5'端上遊區的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之與模板DNA準確地相結合並具有轉錄起始的特異性。因為基因的特異性轉錄取決於酶與啟動子能否有效地形成二元復合物，故RNA聚合酶如何有效地找到啟動子並與之相結合是轉錄起始過程中首先要解決的問題。
有實驗表明，對許多啟動子來說，RNA聚合酶與之相結合的速率至少比布朗運動中的隨機碰撞高100倍。轉錄的起始是基因表達的關鍵階段，而這壹階段的重要問題是RNA聚合酶與啟動子的相互作用：啟動子的結構影響了它與RNA聚合酶的親和力，從而影響了基因表達的水平。