成分不同：草甘膦的主要成分是草酸甘氨酸，百草枯的主要成分是草銨膦。
作用方式不同：草甘膦是通過抑制植物生長使植物無法繼續生長，百草枯是通過破壞植物細胞壁導致植物死亡。
安全性不同：草甘膦相對於百草枯更安全，因為草甘膦對人和動物的傷害較小。
使用範圍不同：草甘膦通常用於除草和除草劑的預防，百草枯通常用於清除雜草和不需要的植物。