遲到壹次罰款5000不合法也不合理。根據勞動法規定，單位是不可以克扣或者無故拖欠勞動者的工資，若員工因為嚴重失職，營私舞弊，等對用人單位利益造成重大損害的情況下，單位可以根據實際情況按照當地勞動部門相關要求進行追討經濟損失。員工短時間遲到，壹般不會對公司造成很大的損失，因此不允許進行罰款。
法律規定：
《勞動法》第五十條
工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。
法律依據
《勞動法》第五十條
工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。