1、環境和生態問題：漳州港的建設和運營對周邊環境和生態造成影響，引發公眾關註和反對。
2、土地問題：港口建設需要大量土地資源，而漳州市的土地資源相對緊張，土地征用和開發困難。
3、產業結構問題：漳州市的產業結構相對單壹，主要以傳統制造業為主，缺乏具有國際競爭力的產業和產業鏈，無法充分發揮港口建設帶來的經濟效益。