分為曲頸龜亞目和側頸龜亞目，隸屬12科87屬。
序號 中文名
I、曲頸龜亞目（I）兩爪龜科 1、兩爪鱉屬
（II）海龜科 2、蠵龜屬
3、海龜科
4、玳瑁龜
5、麗龜屬
（III）鱷龜科 6、靈龜屬
7、大鱷龜屬
（IV）泥龜科 8、泥龜屬
（V）棱皮龜科 9、棱皮龜科
（VI）龜科 10、安南龜屬
11、潮龜屬
12、鹹水龜屬
13、烏龜屬
14、錦龜屬
15、盒龜屬
16、水龜屬
17、閉殼龜屬
18、齒緣攝龜屬
19、雞龜屬
20、擬龜屬
21、龜屬
22、池龜屬
23、地龜屬
24、圓龜
25、草龜屬
26、東方龜屬
27、廟龜屬
28、棱背龜屬
29、菱斑龜屬
30、馬來龜屬
31、擬水龜屬
32、黑龜屬
33、沼龜屬
34、果龜屬
35、花龜屬
36、巨龜屬
37、彩龜屬
38、鋸緣攝龜屬
39、鼻龜屬
40、眼斑龜屬
41、粗頸龜屬
42、箱龜屬
（VII）動胸龜科 43、匣子龜屬
44、麝香龜屬
45、動胸龜屬
（VIII）平胸屬科 46、平胸龜屬
（IX）陸龜科 47、平殼龜屬
48、緬甸陸龜屬
49、角龜屬
50、土龜屬
51、穴龜屬
52、珍龜屬
53、緬甸陸龜屬
54、紋龜屬
55、扁龜屬
56、凹甲陸龜屬
57、沙龜屬
58、蛛龜屬
59、四爪陸龜屬
（X）鱉 60、軟鱉屬
61、滑鱉屬
62、盾鱉屬
63、小頭鱉屬
64、盤鱉屬
65、圓鱉屬
66、紋鱉屬
67、緣板鱉屬
68、麗鱉屬
69、龜屬
70、山瑞鱉屬
71、鱉屬
72、斑鱉屬
73、三爪鱉屬
II．側頸龜亞目 （XI）長頸龜科 74、長頸龜屬
75、蛇頸龜屬
76、賴頸龜屬
77、澳龜屬
78、漁龜屬
79、 蟾龜屬
80、 扁龜屬
81、 擬澳龜屬
82、 溪龜屬
XII）側頸龜屬 83、 馬達加斯加側頸龜屬
84、 側頸龜屬
85、 亞馬遜側頸龜屬
86、 非洲側頸龜
87、 南美側頸龜