立身亂局王敦娶晉武帝司馬炎之女襄城公主為妻,官拜駙馬都尉,後任太子舍人。元康九年,皇後賈南風廢太子司馬_,遷他於許昌,並不許東宮官屬送行,王敦則與太子洗馬江統、潘滔、太子舍人杜蕤、魯瑤等違命去送行,得到當時議論者的稱許。後王敦改任給事黃門侍郎。
永寧元年,趙王司馬倫篡奪帝位,並派王敦到兗州慰勞擔任兗州刺史的叔父王彥。三個月後,齊王司馬_興兵討伐司馬倫,諸王都響應,此時王彥收到齊王的檄命,邀請壹同起兵；王彥畏懼司馬倫兵力強盛,不敢應命。王敦此時勸王彥響應,最終齊王擊敗司馬倫,王彥亦獲功勛。司馬倫失敗後,晉惠帝復位,王敦遷任散騎常侍、左衛將軍、大鴻臚、侍中。
永嘉元年,司徒王衍推薦他做青州刺史,拜廣武將軍。不久又征命王敦為中書監,王敦將襄城公主的侍婢都分發給將士,又向人分發金銀財寶給部眾後才回到洛陽。此時在滎陽遙控政權的太傅司馬越來朝,王敦認為他此行壹定時有誅殺處罰,後司馬越果然收捕中書令繆播等十余人,並處死。司馬越任命王敦為揚州刺史；潘滔認為讓王敦到外偏遠地會令他肆意妄為,成為無法制約的地方豪強。但司馬越不聽。
助建東晉王敦到揚州後與堂弟王導壹起輔助司馬睿在江南地區建立名望,為著中興晉朝；因司馬睿依靠王敦及王導才能建立力量,所以當時人有說：王與馬,***天下。及後被征拜尚書,但王敦堅持留在揚州不上任。司馬睿於是任命王敦為安東軍咨祭酒。永嘉五年,當時揚州刺史劉陶逝世,司馬睿於是任命王敦為揚州刺史,加廣武將軍。後更升任左將軍、都督征討諸軍事、假節。永嘉之亂後,晉懷帝被擄,司空荀藩推司馬睿為盟主；但當時的江州刺史華軼不肯順從司馬睿的指揮,司馬睿於是派王敦與歷陽內史甘卓和揚烈將軍周訪壹起進攻華軼,並將他擊敗,華軼敗走被殺。
同時,不久以前杜_在湘州作亂,後又攻破零陵,侵擾武昌、長沙、宜都、邵陵等郡,荊州刺史周_因而退走。司馬睿於是又派王敦、陶侃等進攻,王敦讓陶侃等進討,而自在豫章作援。最終杜_被擊破,王敦因功任鎮東大將軍、開府儀同三司,加都督江揚荊湘交廣六州諸軍事、江州刺史,封漢安侯。
王敦自此開始自選官員,兼統屬下州郡。後來杜_部將杜弘南走廣州,請求收降並願意討伐在桂林的盜賊,及後又與交州刺史王機圖謀叛變,但遭陶侃討平。杜弘最終向零陵太守尹奉投降,尹奉將杜弘送給王敦,王敦於是收他為部將,甚為寵信。另南康人何欽當時據險聚眾數千人,王敦私下加任他四品將軍。王敦專擅的跡象漸見明顯。堂弟王棱知道王敦野心,曾不斷勸諫王敦,但卻遭到王敦暗殺。
叛亂根源建武元年,因晉湣帝被擄,司馬睿改封晉王,統攝萬機。王敦此時獲進位征南大將軍。次年司馬睿因晉湣帝被殺而即位,是為晉元帝,東晉建立,王敦改拜侍中,升任大將軍、江州牧。王敦以他討伐杜曾失利而請求自貶,免任侍中並不拜州牧。後司馬睿又加任王敦為荊州牧,王敦又辭讓州牧,僅聽任刺史。
及後元帝漸漸重用劉隗,同時疏遠壹開始扶持他而名聲似乎比皇族更高的瑯琊王氏士族,王敦因而上書為王導抱不平。而其實元帝重用劉隗、刁協等人就是為了減弱立下大功而又有極高名聲的瑯邪王氏勢力,而面對在外地專權而手握強兵,更有意圖專擅朝政的王敦就更為畏懼和厭惡。太興三年,元帝任命湘州刺史甘卓改任梁州刺史,王敦要求以從事中郎陳頒代替甘卓擔任原本湘州刺史的位置,但遭拒絕,元帝更派譙王司馬承移鎮湘州。王敦見此,上表陳說古今被皇帝猜疑的忠臣和小人如何離間忠臣和皇帝的關系,想要感動元帝。元帝見奏表後更為忌憚王敦,表面上增加他的屬官和尊貴待遇,但同時又任命劉隗和戴淵領兵到外,表面上是要抵抗北方胡族政權的入侵,實際上是要防備王敦。
王敦之亂永昌元年正月,王敦從江州武昌起兵,以誅劉隗為名進攻建康。司馬睿知道後大怒,命劉隗等人回建康準備防守,司馬睿更親自披甲出鎮城郊。王敦率軍壹路前進到石頭城,王敦打算進攻劉隗鎮守的金城,但杜_勸他攻石頭城,先攻破周劄。王敦聽從並進攻石頭城,守將周劄開城門投降,王敦又擊敗了戴淵、劉隗、王導、周_、郭逸和虞潭的進攻,劉隗和刁協北走。
王敦入石頭城後,並不立刻到建康朝見司馬睿,反而擁兵在石頭城,更放縱兵士四處劫掠。官眾因亂逃走,只余安東將軍劉超領兵與兩名侍中壹同侍奉司馬睿,司馬睿亦只得求和。王敦見王導時又怪責他當日司馬睿繼位前不聽他勸,改立幼主而讓他可以專擅朝政,才令內亂發生,幾乎令王氏覆滅。但王導仍秉正地與王敦議論,王敦無法爭辯。及後王敦自任丞相、江州牧,進封武昌郡公,又加羽葆鼓吹,讓太常荀崧拜授,王敦曾假意辭讓。王敦又殺周_、戴淵；更因太子司馬紹為人有勇略,意圖誣陷他不孝而廢掉他,但遭溫嶠大力反對而不能成事。王敦不久即回到武昌,遙控朝政。王敦得勢後,謀害易雄等忠良之士,又在朝中樹立黨羽,將相州牧都是王氏族人,而且又以沈充、錢鳳二人為謀主,縱容手下為非作歹,無法無天；有識之士都知道王敦很快會敗亡。王敦後又自領寧州和益州都督。同年,司馬睿因憂憤而死,由太子司馬紹繼位,是為晉明帝。
太寧元年,王敦謀求篡位,諷諫朝廷征召自己,司馬紹於是手詔征召王敦。又拜受加黃鉞、班劍武賁二十人,奏事不名,入朝不趨,劍履上殿。王敦到姑孰時,司馬紹派侍中阮孚設牛酒犒勞王敦,但王敦卻稱病不見,只派主簿接受,不久王敦自任揚州牧。後王敦侄兒王允之聽到錢鳳與王敦討論奪權的計劃,王允之後即告訴父親王舒,而王舒及王導就告訴司馬紹,讓朝廷都準備應付王敦。
太寧二年,王敦患病,部將錢鳳和沈充暗中籌劃壹旦王敦死後如何是好,最終決定在王敦死後作亂,顛覆東晉,並勸王敦鏟除有名望的周劄以及司馬睿腹心冉曾和公乘雄,王敦都壹壹照做。及至王敦病情轉壞,司馬紹壹方面派侍中陳晷等人問候王敦病況,另壹方面卻暗地裏打算討伐,並微服到蕪湖察看王敦軍的營壘,又派大臣查問王敦起居。
王敦任命溫嶠為丹陽尹,意圖監察朝廷動靜。但溫嶠卻向司馬紹告發王敦奪位的圖謀,司馬紹於是下令討伐,並偽稱王敦己死,激厲起士氣並派兵討伐王敦的部眾。此時王敦病重,根本不能統率軍隊,於是以誅溫嶠等奸臣為名,以哥哥王含為元帥,命錢鳳、鄧嶽、周撫等率五萬兵,水陸並進地攻向建康。後中軍司馬曹渾在越城擊敗王含,王敦聽到後大怒,更意圖親自領兵作戰,但因病重乏力而無法下床。另壹方面,錢鳳等人率軍到建康,屢遭司馬紹親率的軍隊擊敗。此時王敦逝世,享年五十九歲。王敦死前仍然和養子王應及羊鑒說他死後要先置文武百官,然後再處理葬事。但王應及後秘不發喪,用席包裹屍身後在外塗臘,再埋在屋中,即與諸葛瑤等人縱情酒色。不久王含、沈充、錢鳳等軍都被擊敗,王敦之亂得以平定。之後王敦即被起出屍身,燒毀衣冠,並擺成長跪的姿勢戮屍,頭顱被斬下後與沈充等人的頭顱壹同被掛在城南朱雀桁上,向平民展示。及後王敦的屍首都沒有人敢收葬,最後在尚書令郗鑒的建議下才讓王敦家屬收葬。
王敦覆亡後,王敦各黨羽都被追捕,但瑯琊王氏並未被牽連,如王導等人更獲加官晉爵。