《船長日誌》故事開始於大航海時代結束已經15年，和媽媽在外生活和求學的小哥倫布，畢業之後來到父親出生的港口，懷揣著冒險的夢想，由於父親臨行時的約定“新世界”，想要前往新世界追尋父親。但是面臨港口荒廢衰敗的現狀，開始建設港口，重振貿易，組建船隊，開始冒險之旅。