第二，導致不育：傳染性軟疣徹底治愈後無傳染性，不影響懷孕和生育。患者經正規治療後，如果癥狀消失，壹年後不復發，即可考慮結婚、生育。因此大家患上該病壹定要去正規的醫院進行徹底的治療。
第三，傳染給嬰幼兒：患生殖道傳染性軟疣的孕婦，在分娩時，通過產道的嬰兒可能被傳染，引發嬰幼兒呼吸道疣。
第四，引起並發癥：傳染性軟疣還可以引發播散性皰疹、皰疹性腦膜炎、前列腺炎、直腸炎、盆腔炎、脊髓神經根疾病等壹系列並發癥的危害。
第五，心理負擔：從心理上來說，傳染性軟疣作為性傳播疾病，若不盡快治療，患者很可能因害怕傳染給性伴侶、回避與性伴侶的性生活、不願與異性交往等心理原因導致性功能障礙，影響家庭和睦，甚至會發生抑郁癥，這也是傳染性軟疣的壹項大危害。