若以不同的生物為對象，生物化學可分為動物生化、植物生化、微生物生化、昆蟲生化等；若以生物體的不同組織或過程為研究對象，則可分為肌肉生化、神經生化、免疫生化、生物力能學等；因研究的物質不同，又可分為蛋白質化學、核酸化學、酶學等分支；研究各種天然物質的化學稱為生物有機化學；研究各種無機物的生物功能的學科則稱為生物無機化學或無機生物化學。