唇腭裂的治療是壹項系列性治療，缺壹不可。治療目的是為了恢復上唇正常形態和正常的語言功能。為獲得滿意的手術效果，整復手術的時間選擇非常重要。唇腭裂分為：單側唇腭裂和雙側唇腭裂。目前國內外公認唇裂最佳手術時間為生後3個月就是指單側唇腭裂的嬰兒。腭裂為生後12個月則為雙側唇腭裂的嬰兒治療的最佳時期。唇裂術後往往伴有不同程度鼻畸形，即裂側鼻孔扁平、塌陷、鼻尖歪等，應在8歲時做鼻畸形矯正術。另外唇腭裂小孩常有上頜牙齒排列不齊，出現反胎即地包天。應在12歲左右進行牙齒正畸治療。
唇腭裂疤痕修復手術具體方法是將異位的口輪匝肌復位，恢復肌肉的連續性，達到功能性修復。註意唇裂疤痕修復的正常高度，人中居中，上唇兩側對稱。唇裂者常伴有鼻部畸形，應同時矯正鼻小柱偏斜，增加鼻小柱高度，矯正鼻翼塌陷，恢復鼻孔基本對稱。