航天飛機因為技術難度大、系統設計復雜、零部件更容易耗損。所以淘汰了。
航天飛機由於重復使用，因此其技術難度大、系統設計復雜、零部件更容易耗損，從起飛、上升、軌道運行，再入大氣層直到返回著陸過程中，需要經受各類極度嚴酷的環境。航天飛機的弱點是在使用中逐漸暴露出來的，它的系統遠不止將載人飛船和運載火箭兩者單純相加那麽簡單。
單次運行成本過高時，風險也不容忽視，發射頻率從計劃中的每年24次下降到5次。而航天飛機的事故率非常高，美國的5架航天飛機中，有2架在執行任務時候發生了爆炸、解體，有14位宇航員為此喪命。
而與火箭、飛船等壹次性飛行器不同，航天飛機的火箭發動機需要多次重復使用，壽命期間的總工作時間累計長達數小時之久，這也為其執行任務帶來安全隱患，所以航天飛機淘汰了。
航天飛機老化速度遠超預期，飛行任務被迫大幅縮水：
在航天飛機的使用中，NASA發現同研制和發射費用壹樣，航天飛機的維護和運行費用也在直線飆升。比如1984年航天飛機壹次飛行的花費為1.5-2億美元，而在商業發射中可以得到的最高補償僅為7100萬美元。
最重要的是NASA發現，用航天飛機發射衛星，比使用火箭發射衛星的費用還要多。因此，1988年之後，NASA決定不再承攬商業載荷的發射任務，每年航天飛機飛行次數減為9次左右。按照計劃美國的航天飛機壽命最多為20年，每架應飛行100次。
航天飛機的老化程度比預期的要快，盡管執行任務的次數比預期減少了近1/4，但航天飛機破損、老化加劇，每次的維修費用也非常昂貴。
特別是2003年哥倫比亞號航天飛機墜毀事故發生後，對防熱瓦的檢查費用增加了。而發現號自1984年首飛以來小狀況頻發，燃料箱隔熱泡沫脫落、外部燃料箱的液態氫傳輸管泄露等，都導致每次執行任務前加強檢查和維護，以至於任務壹拖再拖。
對於航天飛機時代的結束，中國戰略導彈與運載火箭技術專家、中國工程院院士龍樂豪認為，它意味著壹個階段的終止，但也意味著壹個更高起點的開始。