寶寶拉肚子需要根據病因病機的進行相應的治療，不存在最有效的藥物，適合寶寶病證的就是最有效的。寶寶拉肚子主要是由感染性和非感染性因素引起，針對不同的病因選擇不同的藥物治療，才能發揮藥物的最大效果。
感染性因素對於細菌感染需給予抗生素，如頭孢菌素類頭孢噻肟鈉、頭孢曲松，大環內酯類紅黴素等，對於真菌感染需給予氟康唑、制黴菌素等，對於病毒感染則以補液、對癥治療為主。
非感染性腹瀉如食餌性腹瀉，可用等量米湯、稀釋牛奶餵養，恢復正常後再恢復飲食，癥狀性腹瀉可給予蒙脫石散緩解癥狀，另外給予腸道益生菌如雙歧桿菌片，調節腸道菌群。
就診治療寶寶如果出現拉肚子，應及時到醫院就診，查明病因，並給予針對性藥物治療，使寶寶盡快康復。