某個夜裏，雙葉幼稚園老師們因為員工旅遊來到秩父市泡露天溫泉，而正當老師們享受溫泉時，忽然壹陣巨響，這時看到壹個龐然大物拔山倒樹而來。老師們因為看到了那個怪物，給嚇壞了。害的第二天沒來幼兒園上班。
第二天，散步途中的小新，看到了趴在地上的神秘大叔。而後，大叔自報名字為丹波，並和小新壹同於浴缸泡澡，（他們聊到十分愉快）但當小新再度回神，丹波卻消失不見了。
數日後，美冴和小新、小葵被假扮成警察的人給帶走了。（被騙的原因是（未爆彈））
而三人醒來後，卻以身在不知某處的基地內部了，而成員們向野原壹家說明原委。將野原壹家帶來這裏的是直屬日本政府，目的及任務是為了保護全日本的溫泉的秘密組織－“溫泉G組”，並向野原家要求合作。而他們的敵人“YAZUME”，是由厭惡泡澡的汙垢達人博士所率領的秘密犯罪組織，打算進行“地球溫泉化計劃”。而溫泉G組希望能夠借由傳說中能賜予入浴者神力的不可思議溫泉“黃金之魂溫泉”的力量來阻止他們的野心，溫泉G組也已經知道了黃金之魂溫泉的源頭就在野原家的地底正下方。小新還開了個玩笑說黃金之魂溫泉叫做都是黃金的溫泉。
而這時，YUZAME突然攻進了溫泉G組的秘密基地，好不容易逃脫的野原壹家和組員後生掛、指宿在草津的指示下，驅車前往奧秩父－YUZAME的巢穴。但是任務失敗，野原壹家受到拷問遊樂設施“不健康中心”的嚴刑考驗，最後透露了有關“黃金之魂溫泉”的消息。
隨後，YUZAME出動了巨大機器人，完全無視於日本自衛隊不痛不癢的攻擊來到了春日部，也正是溫泉G組正在開挖“黃金之魂溫泉”的野原家。
究竟，野原五口能順利守護他們的家嗎？溫泉G組是否能阻止YUZAME的野心嗎？還有，敵方首領如此厭惡泡澡的理由到底是...？