神經官能癥的發生與心理社會因素常有很密切的關系，因此，心理治療在神經官能癥的治療中占據重要地位，常用的心理治療包括認知行為治療、支持性心理治療以及森田療法。同時輔以藥物治療，減輕不適。此外，針對不同類型的神經官能癥，除心理、藥物治療外，必要時醫生可能會給予物理治療。
藥物治療
1、抗焦慮藥
（1）苯二氮?類藥物（BDZ）：BDZ可較快改善神經官能癥患者的失眠和緊張不安等軀體性焦慮癥狀，建立起對治療的信心，從而進壹步緩解心理性焦慮癥狀。臨床常用的BDZ如長效類的氯硝西泮等，中效類的阿普唑侖、艾司唑侖和勞拉西泮等。常見不良反應為困倦乏力和過度鎮靜，可出現某些運動協調障礙、發生記憶減退（可逆），並可導致藥物依賴及撤藥反應等。由於BDZ對胎兒有不良影響，孕婦絕對禁止使用。
（2）非苯二氮?類藥物：普萘洛爾為β受體阻斷劑，有明確的抗焦慮效能，尤其對軀體性焦慮和期待性焦慮有良好反應，起效也很快。丁螺環酮和坦度螺酮屬5-羥色胺部分激動劑，為壹類化學結構、藥理和臨床作用與BDZ不同的抗焦慮藥。這類藥物起效比BDZ慢，其優點是無BDZ的某些不良反應，不會對運動協調和記憶產生影響，也未見藥物依賴；其抗焦慮而無鎮靜作用既是優點又是缺點，對於大多數伴有睡眠障礙的焦慮患者，可能難以接受。
2、抗抑郁藥
（1）選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑（SSRI）：5-羥色胺（5-HT）是壹種神經遞質，通常認為與抑郁、焦慮、強迫等癥狀都與其功能不足有關。常用的藥物有帕羅西汀、舍曲林、氟伏沙明、西酞普蘭、氟西汀等。常用的不良反應有胃腸道反應和性功能障礙。