江流兒和方百花最終不能在壹起，原因還是因為林心誠。
第二部最後的結局確實，兩個人雖然都戰勝了對手，終究還是沒能在壹起。江流兒最後回到了淩雲寺，繼續鉆研圍棋。而方百花成為了國手，終於可以和男子下棋了。從第二部後期的劇情來看，方百花和江流兒的感情，已經不如從前那麽深了，直接的原因就是江流兒和方聖的對決。當初林心誠，以壹人之力戰大明棋界五雄，但是最後卻栽在方聖的手裏。
而現在江流兒的挑戰，此時的方聖也和當時的林心誠壹樣，體力上面占據劣勢。結果即便是江流兒，贏得了棋局，也像當年方聖壹樣被人唾棄。當然，這件事最傷心的還是方百花。畢竟方聖的死和江流兒有著直接關系，那壹局棋無異於加速他的死亡。因此，江流兒事實上成為了方百花的殺父仇人。
劇情簡介：
少年棋手江流兒在動蕩的架空大明王朝中，為了國家的穩定、為了百姓免受戰爭的蹂躪，以圍棋棋手的身份參與到大明皇帝和幽王爭奪天下的殊死決戰之中。整部動畫以明朝棋壇和武林為大背景，用誇張的動畫元素展現大明棋手和武者們在圍棋場上、武林場上堅韌不拔的拼搏精神。