主要區別是，品種不同、形態特征不同、生境分布不同，具體如下：
壹、品種不同
1、砂仁
砂仁，是姜科、豆寇屬、砂仁種。
2、殼砂
殼砂，是姜科、豆寇屬、春砂仁種。
二、形態特征不同
1、砂仁
株高1.5-3米，莖散生，根莖匍匐地面，節上被褐色膜質鱗片。中部葉片長披針形，穗狀花序橢圓形，總花梗長4-8厘米，基部具二個紫色的痂狀斑，具瓣柄，花絲長5-6毫米，花藥長約6毫米，藥隔附屬體三裂，頂端裂片半圓形，兩側耳狀，寬約2毫米，腺體2枚，圓柱形，長3.5毫米，子房被白色柔毛。
蒴果橢圓形，成熟時呈紫紅色，幹後呈褐色，表面被不分裂或分裂的柔刺；種子為多角形，有濃郁的香氣，花期5-6月，果期：8-9月。?
2、殼砂
株高1.5-2.5m。具直立莖和匍匐莖。葉互生，排二列，葉片披針形。穗狀花序從匍匐莖節上抽出，花白色。雄蕊3枚，其中2枚退化。雌蕊1枚，位於雄蕊藥室隔溝中，花柱細長，柱頭呈杯狀，位於雄蕊上。子房下位，胚珠多數。蒴果橢圓形或球形，熟時紅褐色，具柔刺。種子為不規則多面體，熟時黑褐色，有光澤。花期4-6月、果期6-8月。
三、?生境分布不同
1、砂仁
分布於中國福建、廣東、廣西和雲南。栽培或野生於山地蔭濕之處。喜熱帶南亞熱帶季雨林溫暖濕潤氣候，不耐寒，能耐暫短低溫，-3℃受凍死亡。生產區年平均氣溫19-22℃；水量在1000毫米以上，空氣相對溫度在90℃以上，怕幹旱，忌水澇。
2、殼砂
主要分布或栽培於中國廣東、廣西、雲南和福建省(自治區)，主產廣東省陽春、信宜、高州等縣。喜高溫、濕潤氣候，遇短期1-3℃低溫或霜凍，地上部易受凍害死亡。花期適溫為24-28℃，空氣相對濕度為76-96%，屬熱帶亞熱帶半陰性植物。
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