2006年底經廣州市政府正式移交廣州醫學院管理，成為廣州醫學院八家直屬醫院之壹，屬事業單位建制，是廣州東部唯壹壹家具有獨立法人資格的市屬醫院，由享受國務院特殊津貼的著名微創外科專家李遜教授任院長。2011年9月，廣州醫學院港灣醫院正式掛牌更名為廣州醫學院第五附屬醫院。
醫院占地面積2.5萬平方米，床位360多張，配套設施完善，是壹所集醫療、教學、科研與預防保健為壹體的綜合性醫院。醫院設有泌尿外科、骨科、普外科、心血管內科、呼吸內科、產科中心、婦科、康復醫學科、兒科、新生兒科、預防保健科（體檢中心）、中醫科、耳鼻咽喉科、眼科、口腔科、皮膚科、醫學美容科、急診科及重癥監護等20多個臨床科室和醫學影像、醫學檢驗、病理、超聲診斷、心電圖、麻醉等多個醫技科室。同時，醫院承辦大沙街社區衛生服務中心，下設黃埔街、姬堂、新港社區衛生服務站。各社區衛生服務站均為廣州市醫療保險定點機構。
醫院專業技術力量雄厚，設備先進，現有員工500余人，專業技術人員占90%，其中高級職稱58人，中級職稱110人。擁有螺旋CT、骨密度測量儀、全數字化X線機、彩色多普勒心動超聲儀、全自動生化分析儀及ICU、CCU監護系統及世界先進的微創手術成套器械（包括膀胱鏡、輸尿管硬鏡、微創腎鏡、腹腔鏡、前列腺電切鏡、綠激光、鈥激光、氣壓彈道碎石器等）和其他先進設備。