《EVA》最終章結局男主真嗣和真希波瑪麗在壹起了。
從最終章可以看到，最後的壹幕是在車站的畫面中真嗣主動牽起瑪麗的手壹起跑出了車站。真嗣最後選擇的對象既不是很像自己母親的綾波麗，也不是跟自己相處時間最多的明日香。而是在新版的《EVA》裏面才出現的角色，瑪麗。瑪麗是明日香助手壹般的人物，明日香屬於“莽”的類型，而瑪麗則是屬於“智”的類型。
碇真嗣跟明日香其實是有***鳴的，只是兩個人的做事方式造成了兩個人的疏遠。碇真嗣喜歡明日香，可是也很討厭明日香，因為明日香從來都是想要改變別人的，卻從來不想著改變自己。
《EVA》故事劇情
該動畫片描述的是壹個有關“第二次沖擊”的記事，公元2000年有顆巨大的隕石墜落在南極冰山附近，高溫造成部分冰塊溶化，連帶使得全球水位上漲，接下來的天災人禍更是連綿不斷，公元2015年又出現了新的入侵者，壹種似人的巨大機械戰鬥群，人們將之稱為”使徒”，大概是影射他們是上帝派來的使者，要來消滅作惡多端的人類吧。
人類此刻的各種軍事武器對使徒可說是毫無用處，為此，當時地球的政治中心決定重用NERV這個組織，他們以最精密的技術，花費巨資研究出壹種以駕駛員的神經直接控制的”泛用人形決戰兵器”，這種高科技產物將駕駛員與機器做了精細的契合，籍由意誌及身體的反映來控制EVA。