1、行政級別不同：海南省成立於1988年，在此之前海南是廣東省的壹個海南區，可以說是中國最年輕的省，比它更年青的重慶市是雖然也是省級行政區，卻是國家的直轄市。而三亞市是海南省的壹部分，是海南省最南端的壹座城市，是屬於地級行政區。
2、從屬關系不同：海南和三亞之間是從屬關系，三亞是海南的地級市，三亞位於海南島最南端。
3、管轄面積不同：海南管轄的面積包括整個海南島及周邊附近的海域，合計是3.54萬平方公裏，而三亞僅僅是海南島南部及附近海域，總面積僅5000（陸地1921平方公裏，海域3226平方公裏）多平方公裏。