1、功能不同
細菌疫苗能提高易感人群對病原菌的抵抗力，降低病原菌感染的發生率，有利於感染性疾病的控制，所以，開發相關細菌疫苗壹直是該領域的研究熱點。
滅活疫苗是指先對病毒或細菌進行培養，然後用加熱或化學劑(通常是福爾馬林)將其滅活。滅活疫苗即可由整個病毒或細菌組成，也可由它們的裂解片段組成為裂解疫苗。
2、特點不同
隨著免疫學、分子生物學等科學的不斷進展，細菌疫苗的類型、組成都發生了很大變化，出現了組分疫苗、DNA疫苗等新型疫苗。
滅活疫苗既可以是蛋白質疫苗，也可以是多糖疫苗。蛋白質疫苗包括類毒素(滅活細菌毒素)和亞單位疫苗。大多數多糖疫苗由來自細菌純化的細胞壁多聚糖組成;結合疫苗是將多糖用化學方法與蛋白質連接而得到的疫苗，從而成為更有效的疫苗。
3、作用不同
細菌疫苗可以大大降低細菌的感染從而減少抗生素的使用。抗生素使用的減少將減低抗生素耐藥的選擇壓力，進而延緩細菌耐藥的出現和傳播，打破了“抗生素使用-耐藥-抗生素濫用-泛耐藥”的惡性循環。
滅活疫苗使受種者產生以體液免疫為主的免疫反應，它產生的抗體有中和、清除病原微生物及其產生的毒素作用，對細胞外感染的病原微生物有較好的保護效果。滅活疫苗對病毒、細胞內寄生的細菌和寄生蟲的保護效果較差或無效。
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