發芽的山藥最好不要吃。因為發芽就表明山藥已經開始進行生命活動，雖然並不是像土豆發芽壹樣產生了龍葵素壹類的有害物質，但是其中的營養物質已經減少了，因此對人體有可能造成影響。大家如果實在想吃，可以把發芽的部位挖去後吃。
山藥發芽是沒有毒的，也不會影響食用。不過，山藥發芽說明已經開始了生命成長，發芽會導致山藥的營養物質有所下降，輕微發芽流失的營養物質會很少，而發芽比較嚴重，則流失得多。
如果山藥發芽了，可以將芽去除掉，再食用。山藥壹旦發芽，那就標誌這其營養成分正在大量的流失，這類山藥若要食用應在其芽還比較短時食用，食用時去掉芽和長芽部分的山藥肉質，去皮後切片泡水處理，還可適當增加發芽山藥的脆性，食用口感不至於太差。
但是最好的方法還是要註意保存，避免山藥發芽的情況發生。為了避免山藥發芽，可以將山藥放入冰箱冷藏保存，這樣就不容易發芽了。但如果存放的溫度過低，山藥會容易腐爛，所以最佳的保存溫度為5℃-10℃之間，如果山藥變黑了就絕對不能吃。