尖銳濕疣的治療必須采用綜合治療。
1.治療誘因（包皮過長、陰道炎、包皮龜頭炎、淋病等）。
2.提高機體免疫力。
3.化學治療
（1）0.5%鬼臼毒素酊（或0.15%霜） 適用於治療直徑≤10mm的生殖器疣，臨床治愈率可達90%左右。用藥疣體總面積不應超過10cm2，日用藥總量不應超過0.5ml。用藥後應待局部藥物自然幹燥。副作用以局部刺激作用為主，可有瘙癢、灼痛、紅腫、糜爛及壞死。另外，此藥有致畸作用，孕婦忌用。
（2）5%咪喹莫特霜 治療尖銳濕疣，疣體的清除率平均為56%。該療法的優點為復發率低，約為13%。出現紅斑不是停藥指征，出現糜爛或破損需要停藥並復診，由醫生處理創面及決定是否繼續用藥，副作用以局部刺激作用為主，可有瘙癢、灼痛、紅斑、糜爛。妊娠期咪喹莫特的安全性尚未確立，孕婦忌用。
（3）80%～90%三氯醋酸或二氯醋酸 需由醫生實施治療。使用時，在疣損害上塗少量藥液，待其幹燥，此時見表面形成壹層白霜。在治療時應註意保護周圍的正常皮膚和黏膜，如果外用藥液量過剩，可敷上滑石粉,或碳酸氫鈉（蘇打粉）或液體皂以中和過量的、未反應的酸。此藥不能用於角化過度或較大的、多發性以及面積較大的疣體。不良反應為局部刺激、紅腫、糜爛等。
4.冷凍療法
利用-196℃低溫的液氮，采用壓凍法治療尖銳濕疣，促進疣組織壞死脫落，操作簡便、高效，病人易耐受。本法適用於數量少，面積小的濕疣，可行1～2次治療，間隔時間為壹周。
5.激光治療
通常用CO2激光，采用燒灼法治療尖銳濕疣，對單發或少量多發疣體可行壹次性治療，對多發或面積大的疣體可行2～3次治療，間隔時間壹般為壹周。
6.電灼治療
采用高頻電針或電刀切除濕疣。本療法適應數量少，面積小的濕疣。
7.氨基酮戊酸光動力學療法（ALA-PDT療法）
本法可選擇性殺傷增生旺盛細胞，不僅對肉眼可見的尖銳濕疣有破壞作用，還可清除亞臨床損害和潛伏感染組織。具有治愈率高、復發率低、不良反應少且輕微、患者依從性好等優點。
8.手術治療
適用於巨大尖銳濕疣，對疣體整個或分批切除。
9.免疫療法
不主張單獨使用，可作為輔助治療及預防復發。可用幹擾素肌內、皮下和損害基底部註射，白介素-2皮下或肌內註射，聚肌胞肌內註射等。