增值稅電子專用發票開具包括以下3個方面：正數發票開具、發票查詢、負數發票開具。
壹、正數發票開具：正數發票填開，選擇增值稅電子專用發票。如圖3-1-1所示。
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3-1-1
首次開具需點擊頁面下方“目錄設置”，如圖3-1-2所示，在彈出框中指定發票文件存放目錄，設置掃描時間間隔，點擊“保存”即可。如圖3-1-3所示。
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3-1-2圖
3-1-3此處設置的“導入文件目錄、備份文件目錄、結果文件目錄”與開具電子普票功能類似。
按照實際情況選擇確認征稅方式，包括普通征稅、差額征稅、減按征稅。如圖3-1-4所示。
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3-1-4購貨單位欄填寫：在填開界面手動輸入購貨單位信息，或者雙擊選擇之前設置好的客戶編碼。
名稱：單位全稱（不得漏字，錯別字）
納稅人識別號：統壹社會信用代碼
地址、電話：註冊地址（非經營地址）及在稅務機關登記的電話
開戶行及賬號：企業基本賬戶開戶行及賬號
貨物或應稅勞務名稱欄填寫：雙擊選擇對應的商品編碼，顯示出所需要開具的商品信息，填入數量、單價、生成金額、選擇與實際業務相符合的增值稅稅率，生成稅額，如需開具多個商品，可點擊上方“新增行”按鈕增加商品行。不需要可選擇後點擊“刪除行”。
註意：增值稅電子專用發票最多支持開具100條。
其他信息填寫：銷方信息將自動帶出；備註信息需根據實際情況及發票填開要求填寫；收款人和復核人信息可選擇或填寫；開票人姓名根據登錄的操作員賬號自動生成，不可更改。
確認票面信息無誤，點擊界面下方“開具”按鈕，完成發票開具。如圖3-1-5所示。可根據實際需要選擇以二維碼或者發送郵件的方式，將已開具好的發票交付購方。
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3-1-5二、發票查詢：已開發票查詢中，選擇對應發票類型增值稅電子專用發票，查詢後確認發票狀態為已上傳。如圖3-2-1所示。
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3-2-1點擊右側“查看原票”，可以選擇界面下方的“下載”按鈕，將電子發票版式文件保存到指定的文件夾。如圖3-2-2所示。
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3-2-2這裏也可點擊“二維碼”或“發送郵件”按鈕，進行電子發票版式文件交付。購方掃描銷方提供的二維碼或點擊郵件中版式文件下載URL鏈接地址，進行預覽、下載電子發票版式文件和驗證簽章。如圖3-2-3所示。
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3-2-3三、負數發票開具：如果發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務終止等情形，需開具負數發票進行沖銷。如圖3-3-1所示。
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3-3-1點擊“紅字信息表”中“增值稅專用發票紅字信息表填開”，彈出開具紅字發票信息選擇頁面，提供兩種申請方式：購買方申請和銷售方申請。如圖3-3-2所示。
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3-3-2購買方填開紅字信息表。根據對應藍字專用發票抵扣增值稅銷項稅額情況，分已抵扣和未抵扣兩種方式：選擇已抵扣，不需要填寫對應藍字發票代碼和發票號碼，直接點擊“下壹步”。選擇未抵扣，需填寫藍字發票代碼和號碼，選擇發票填開日期，點擊“下壹步”，進入填開界面，如圖3-3-3所示。購方信息自動帶出不可修改，其他信息根據原藍字發票進行填寫，確認無誤，點擊“上傳”，如圖3-3-4所示。
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3-3-4銷售方申請填開紅字信息表。需填寫藍字發票代碼和號碼，選擇發票填開日期，點擊“下壹步”，如圖3-3-5所示。
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3-3-5如果數據庫中有對應藍字發票，進入信息表填開界面時，系統會自動填寫信息表信息；數據庫中無對應藍字發票信息的，進入信息表填開界面時，銷方信息自動帶出不可修改，其他信息需要進行手工填寫，確認無誤，點擊“上傳”。紅字發票信息表比對信息無誤，系統將提示“審核通過”，點擊“確認”即可繼續進行負數發票填開。如圖3-3-6所示。
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3-3-6在“增值稅專用發票紅字信息表查詢”中查詢出待開具的負數增值稅電子專用發票信息，在對應的紅字發票信息表後點擊“進入開具”,如圖3-3-7所示,進行增值稅電子專用負數發票開具。負數發票開具頁面如圖3-3-8所示。
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3-3-7