壹、性能不同
1、低聚果糖：溶解性好，溶液呈無色透明；0-70℃範圍內，果寡糖的黏度同玉米高果糖漿相似，比同濃度的蔗糖溶液略大，並隨溫度的上升而下降。?
2、低聚木糖：低聚木糖很難為人體消化酶所分解；酸、熱穩定性好，難發酵，與其他低聚糖相比，低聚木糖的突出特點是穩定性非常好；有效攝入量少。
二、成分組成不同
1、低聚果糖：蔗糖分子以β-（1→2）糖苷鍵與1-3個果糖分子結合成的蔗果三糖，蔗果四糖和蔗果五糖，屬於果糖和葡萄糖構成的直鏈雜低聚糖。
2、低聚木糖：是由2-7個木糖分子以β-1,4糖苷鍵結合而成的功能性聚合糖。
三、優點不同
1、低聚果糖：低聚果糖擁有保健功能確切和食品配料優良的雙重品格。以其低熱值，無齲齒、促進雙歧桿菌增殖、降血糖，改善血清脂質，促進微量元素吸收等優良生理功能。
2、低聚木糖：與通常人們所用的大豆低聚糖、低聚果糖、低聚異麥芽糖等相比具有獨特的優勢，它可以選擇性地促進腸道雙歧桿菌的增殖活性。其雙歧因子功能是其它聚合糖類的10-20倍。
百度百科-低聚果糖
百度百科-低聚木糖