1、地理位置不同，南京校區位於江蘇省南京市江寧區佛城西路8號，常州校區位於江蘇省常州市晉陵北路200號。
2、建校時間不同，南京校區始建於1915年，常州校區始建於1986年。
3、院系設置不同，南京校區主要有水文水資源學院、水利水電學院、港口海岸與近海工程學院、土木與交通學院、環境學院等專業，常州校區主要有機電工程學院、物聯網工程學院、企業管理學院和基礎學部等專業。
4、學術氛圍不同，南京校區以水利水電為主要特色，更加註重理論研究和科研成果，在科研方面具有較強的實力，常州校區學術氛圍以工程技術為主導，註重實踐能力培養，有著濃厚的工程師文化氛圍。
5、校園面積不同，南京校區占地面積較大，擁有2580畝的校園，而常州校區占地面積較小，只有436畝。