直腸癌手術保留肛門分情況而討論，大致分為兩類：
第壹類，腫瘤位置處於直腸中高位的。
直腸是壹根距離肛門大概15-18厘米長的腸子，我們將它大概分為高、中、低三段，距離肛門越近我們稱它位置越低，所以中高位的直腸段就是大概距離肛門8厘米以上的腸子了。那麽腫瘤長在距肛門8厘米以上的位置，不管是早期，中期，晚期，手術基本上都是允許保肛的。手術的過程簡單來說就是把有問題的有腫瘤的那壹段腸子切掉，把剩下的兩端好的腸子接起來(吻合術)。這樣的手術比較成熟，開創的歷史也比較久，目前的發展也可以在腹腔鏡下實施，在腹腔鏡下做的話患者腹壁上的傷口也會比較容易復原。保留肛門的功能也比較理想。在臨床上，這類手術的代表是“低位前切除術 (Dixon手術)”。
第二類，腫瘤位置處於直腸低位的。
從剛剛的介紹裏可以明白這個位置的腫瘤大概距肛門8厘米以下了。這個位置的腸管首先有個特點，它是有肌肉等等其它組織生長在周圍，並且固定在腹腔裏的，那麽之前提到的兩節斷開的腸子接起來的條件就不存在了。打個比方就好像兩節水管要連起來，如果都是活動的水管當然比較好接，如果有壹頭水管埋在墻裏，只有壹個孔露出來，另壹節水管就很難接上。在這種位置下的直腸癌還想要保肛，條件就必須是這個腫瘤的分期要處在Ⅰ期，因為這個早期的腫瘤癌細胞沒有往腸壁的深處擴散，說白了就是它的根基還不夠深，只停留在腸壁很淺層的位置，不會影響深處的肌層等等其它組織，這樣的情況是可以通過手術切除腫瘤的，切除後，肌層那些的不受影響，肛門就可以保下來。過程就是通過操作桿從肛門進入切除腫瘤。
但是這個保肛有個很大的弊端： 在臨床上，術前的診斷並不能百分百確定腫瘤的分期，大部分的時候是需要術中取出的腫瘤標本繼續做病理檢查才能判斷分期的，所以，很有可能這壹類的患者在做手術的時候或者做完手術發現這個腫瘤並不是Ⅰ期的，癌細胞侵入了腸壁較深壹點的位置，那麽這個時候，光靠從肛門進入的操作桿切除是無法幹凈地切除腫瘤組織，那麽就很有可能在手術中途改為肛門切除手術，或者是在第壹次術後還需要進行第二次手術把肛門切除，以保證癌細胞清除幹凈。而且，我國直腸癌的發現壹般都比較晚，很少有在Ⅰ，Ⅱ期就發現的， 所以，臨床上這類手術也是做得非常少的。
現在醫院開展的低位直腸癌保肛術是冷凍消融治療術， 這種醫療技術的原理是“利用超低溫使癌組織冷凍最終凝固性壞死，當癌組織壞死以後，它會自然從腸壁脫落下來(消融)，這樣來保證‘切除’”。 它可以彌補低位直腸癌裏手術條件過於苛刻而不能進行的缺憾。
比起傳統的手術刀類的物理切割，冷凍機經過幾十年的更新換代，已經可以較有把握的保證冷凍範圍的精準性，基本能保證有多少癌組織需要切除，就冷凍多少癌組織，而不破壞那麽多無辜的健康組織。而且傳統手術方式是從腹壁開口，打開腸管再切除腫瘤，而冷凍消融術是直接從肛門進入，通過冷凍針頭直接作用在腫瘤上，不破壞腹壁和腸管周圍的正常組織。這樣就能保留肛門並且不破壞肛門功能了!
這種治療方式具有以下優點：
1、采用腰麻 (只麻醉下半身)或局部麻醉下(只麻醉肛門和直腸)經肛門治療，冷凍治療頭直接接觸腫瘤組織。所以即使患者患有嚴重的高血壓、糖尿病、肺病等基礎病，也可承受這種治療，因為它對患者的身體損害小，和做痔瘡手術差不多。
2、經肛門直接冷凍直腸內的腫瘤組織， 治療後腫瘤癌組織壞死以後，它會自然從腸壁脫落下來(消融)，解除直腸被堵塞的問題，即使患者治療後，直腸癌復發(其他方式的復發率是壹樣的)，還可再次采用這種方式解決問題。