眾所周知，在之前決定2021賽季聯賽賽程的時候，除了首先考慮國家隊的備戰集訓需求，足協也充分考慮了聯賽的公平性，最終沒有讓聯賽在國腳不在的情況下進行。但2021年度足協杯的比賽，被安排在10月至11月期間進行，而國家隊10月的兩場比賽已經確定在西亞進行，11月的兩場比賽就算不在西亞，國腳們也不可能參加足協杯賽，因此，輸出國腳多的球隊，其在杯賽中的戰力是必然會受到影響的。如何最大限度幫助這些球隊彌補實力，也是中國足協壹直在考慮的問題。最終，中國足協在9月15日發布了《中國足協關於2021中國足球協會杯正賽階段競賽規程的補充通知》。
通知中首先確定要開臨時轉會窗口：2021年9月29日至2021年10月12日，我會將開啟臨時轉會窗口，有被國家隊征召球員的俱樂部可在此窗口完成球員租借、轉會及足協杯補報。俱樂部轉會補報球員的名額不得超過國家隊征召球員數量，即某俱樂部被國家男子足球隊征召6人，則該俱樂部只可補報至多6人。也就是說，所有被國家隊征召了球員的俱樂部，都可以在這個窗口完成新球員租借和轉會，並在足協杯中為新球員補充報名，每家俱樂部可以引進的球員跟其在國家隊的國腳數量對等，目標球員為目前在中國足協註冊的球員，包括在中國足協註冊的本土球員和外援。
值得壹提的是，原則上，該窗口交易的球員，只能用在今年足協杯上，而不能用在12月的聯賽中，畢竟正常情況下，12月份聯賽開打時，國腳們已經回歸，那麽為足協杯補充的球員如果再在聯賽中出場，就會造成新的不公平，因此在這個窗口交易的球員，是不能代表新球隊參加聯賽的。短期租借的球員，也不能再回到原球隊打12月份的聯賽，在這個窗口轉會加盟新球隊的球員，只有在2022賽季才能代表新球隊打中超聯賽。這壹點也就大大限制了這個窗口的球員交易空間，可以說，這個窗口其實更多是為了符合條件的各俱樂部從內部挖潛重新報名球員準備的。
《補充通知》第二項還規定了U23政策：被國家男子足球隊征召 U23 球員的俱樂部可以在2021足協杯正賽階段不執行U23球員政策。目前符合這個規定的俱樂部，是上海申花和山東泰山，他們分別被國家隊征調了朱辰傑和郭田雨。第三項則是關於防疫：如任何球隊因防疫問題無法完賽，將被視為棄賽。