截止2022年3月24日，甘南州有七個縣，分別是：
1、碌曲縣：
碌曲縣，隸屬於甘肅省甘南藏族自治州，位於甘南藏族自治州西南部，青藏高原東邊緣，甘、青、川三省交界處，總面積5298.6平方公裏。
2、瑪曲縣：
瑪曲縣，隸屬於甘肅省甘南藏族自治州，位於甘肅省甘南藏族自治州西南部，青藏高原東端，甘、青、川三省交界處，黃河第壹彎曲部。
3、夏河縣：
夏河縣為甘肅省甘南藏族自治州下轄縣，因境內大夏河得名。夏河縣位於甘南州西北部，東、南面分別與合作市、碌曲縣相鄰；北依臨夏州及青海省循化縣、同仁市；西接青海省澤庫縣。
4、舟曲縣：
舟曲縣，隸屬於甘肅省甘南藏族自治州。位於甘肅南部，甘南藏族自治州東南部，舟曲是藏語“龍江”之意，因白龍江穿縣境而得名，舟曲建制始於先秦，秦昭王二十八年於今舟曲西北置羌道縣，解放後設西固縣，1955年改設舟曲縣，1959年改名龍叠縣，1962年恢復舟曲縣。
5、叠部縣：
叠部縣，甘肅省甘南藏族自治州轄縣，地處秦嶺西延岷山、叠山山系之間的高山峽谷之中，青藏高原東部邊緣甘川交界處；北靠卓尼縣，東連舟曲縣，東北與宕昌縣哈達鋪鎮毗鄰，西南分別和四川省若爾蓋縣、九寨溝縣接壤；總面積5108.3平方千米。
6、卓尼縣：
卓尼縣，隸屬甘肅省甘南藏族自治州，位於青藏高原的東部邊緣，甘肅省甘南藏族自治州東南部，全縣總面積5419.68平方千米。
7、臨潭縣：
臨潭縣隸屬甘南藏族自治州，古稱洮州，位於甘肅省南部，甘南藏族自治州東部，地處青藏高原東北邊緣，是農區與牧區、藏區與漢區的結合部，臨潭縣總面積1557.68平方公裏。