1、初期
起病急，主要表現為全身不適，頭痛、發熱，常伴有寒戰等癥狀。體溫急劇上升至39～40℃，伴頭痛、惡心和嘔吐，部分病人有嗜睡或精神倦怠，並有頸項輕度強直，病程1-6天左右。
2、急性腦炎期
此期最突出的特征是持續發熱，體溫高達39度-40度以上，多持續5-10天，以後呈階梯下降。應中樞神經感染加重，可出現意識障礙，如精神恍惚，昏睡和昏迷等，驚厥或抽搐也比較常見，80%的患者有頸項強直表現。
3、恢復期
乙腦在恢復期體溫逐漸下降，精神、神經系統癥狀逐日好轉。重癥病人仍神誌遲鈍、癡呆、失語、吞咽困難、顏面癱瘓、四肢強直性痙攣或扭轉痙攣等，少數病人也可有軟癱癥狀，但經過積極治療大多數癥狀可在半年內恢復，少數重癥病人半年後仍有意識障礙、癡呆、失語及肢體癱瘓等精神神經癥狀，為後遺癥。
4、重型乙型腦炎
通常發熱在40度以上，有昏迷、驚厥、顯著的腦膜刺激征及神經系統的體征。呼吸、循環均可發生衰竭。休溫多迅速上升至39—40度甚至以上，發病初1—2天內有嚴重的頭痛、頭暈、疲倦、惡心、嘔吐、嗜睡或有煩躁不安、興奮，或表情呆板、對外界反應差，眼結膜充血，瞳孔對光反應遲鈍，頸強直，嬰幼兒可出現前囟門凸出。
約經過24—28小時病情更加嚴重，體溫可高達4I度以上，出現昏迷、驚厥，肢體呈強直性或遲緩性癱瘓。在深度昏迷下，可出現大小便失禁或尿瀦留，甚至可至呼吸衰竭、死亡。
5、普通型乙型腦炎
發熱40度左右，有頭痛、惡心、嘔吐、腦膜刺激征，在意識障礙方面僅有不同程度的嗜睡，或煩踩不安，神誌恍惚，但無昏迷，在發病後5—7天體溫開始下降至正常，壹般在14—21天完全恢復，很少留有後遺療。
6、輕型乙型腦炎
發熱38—39度斤右，有頭痛、惡心、嘔吐、嗜睡等癥狀，無意識障礙。可有輕度的腦膜刺激征，體溫壹般在3—5天左右下降，沒有後遺癥，壹般7—10天左右可恢復正常。
7、乙腦臨床類型
根據體溫、精神神經癥狀及呼吸衰竭等病情輕重不同，可分為4型：
1.輕型：
體溫在38~39℃左右，神誌始終清楚，無驚厥，有輕微頭痛、惡心、嘔吐、嗜睡，腦膜刺激征陽性。病程5~7天，無恢復期癥狀。
2.普通型：
體溫39~40℃左右，有頭痛、嘔吐、明顯煩躁、嗜睡或淺昏迷等癥狀。偶有驚厥或局部抽搐，腦膜刺激征明顯，病理反射陽性。病程10日左右，恢復期大多無癥狀或僅有輕度神經精神癥狀。
3.重型：
持續高熱在40℃以上，反復或持續驚厥，昏迷，有明顯的顱內高壓癥狀及腦膜刺激征，深反射亢進或消失，病理反射陽性。但無明顯的呼吸衰竭及腦疝征候。病程2周以上，留有恢復期癥狀，少數病人有後遺癥。
4.極重型：
起病急驟，體溫迅速上升達40℃以上，反復或持續驚厥，深昏迷，迅速出現中樞性呼吸衰竭和腦疝。少數病人呈腦幹腦炎型，表現為嗆咳、吞咽困難、講話鼻音，進水鼻腔反流等，偶可意識清楚。本型多於3~5日內死亡，存活者多有嚴重後遺癥。